| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,854,898 | A→G | 19.4% | E326G (GAG→GGG) | emrD → | multidrug efflux system protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,854,898 | 0 | A | G | 19.4% | 88.6 / 2.2 | 51 | E326G (GAG→GGG) | emrD | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/19); new base G (5/7); total (24/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854664‑3855132 | tGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCg > 1:1121496/1‑239 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGTTGCCGGGATGCAGTTTCCGCTCGCGACCCGCGGCCGGATGGGGCCGTTcc > 1:900745/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCTGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCCGCGTCCCGATGGAGCGGTTcc > 1:1188621/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCCCTGGCGACCCACGGCCCGTTGGGGCCCTTcc > 1:1321405/1‑238 (MQ=255) aTTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGGGCCGGGAGGCTGTTTCCGCTGGCGCCCAGCGGCGCGATGGAGcccgtc > 1:400435/1‑233 (MQ=255) cAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGGGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACg > 1:740344/1‑239 (MQ=255) ttttttGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGGGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCGCCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCGGGCTgg > 1:1299640/1‑239 (MQ=255) cATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGGCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCCCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGGTGCTGTTTGCGCGGGCGCCCACGCGCGGCATGGGTGCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCCGCTggggggcggggg > 2:1021677/1‑229 (MQ=255) tGGTTTGCCGGACGCCCCAATAAACGGTTCTCCAGGTTAATGGGGCAGTCGGTTATCTGCGGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGAAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg < 1:816321/239‑1 (MQ=255) aCGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACgg > 1:1220650/1‑212 (MQ=255) gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCCGGTCGGCGGGGTGCAAAAc > 1:275838/1‑239 (MQ=255) gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAACGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCAAGGCTGGGCCCCTGGCCGGCGGGCTGCcaaa > 1:451051/1‑238 (MQ=255) gTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGGTTGGCGTGATGGATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCCCTTGCCACCAGCGGGCCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTTGCCGGGCCCGGGGGGCGCCCGGGTGGGGGGCGCGCaaaa > 2:785316/1‑239 (MQ=255) aCGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGCCGGGGACGGCTGGCGCGCGGGTCGGGGGGCTGCAAAACATTGGTTCCg > 1:923726/1‑239 (MQ=255) tAAGGTGGCAGTGGGTTAACGGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGACCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATTTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCg < 1:982795/239‑1 (MQ=255) tgtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTGGc > 1:1181745/1‑237 (MQ=255) gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTTGCGGGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTCCGA‑TGTTGCCGcca > 1:578473/1‑237 (MQ=255) gctgcCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGGGGTCTGCCACACCTTGGTTCCGGCGTGCTGGG‑CTCGCTTTCTCCGA‑TGTTGCCCCa > 1:956633/1‑238 (MQ=255) gctgcCTGCGGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGTCTGGGTTGCGGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCTCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCaa < 1:111736/239‑1 (MQ=255) ctgcctgcGGGCTGGCTTGCTGATGGGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCaaa < 1:108532/239‑1 (MQ=255) cctgcTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGGCGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGCCCCGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGGCCGGCCGGGCCCCTGGGCGGCGGGCTGCAAAAACTTGGTGCGCGCGGGGTGGCGGTCG‑TCTCCGGGA‑TGTGGCGGCCAAccc > 2:1022316/1‑238 (MQ=255) ctggctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 1:680663/238‑1 (MQ=255) ggctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGCCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑GGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCa > 1:832369/1‑238 (MQ=255) ctTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGAGCTGGC‑GTCCCTCTCTCCGAGTGTT‑CCCCAAACCGGTCAGGGCAccc > 1:952144/1‑239 (MQ=255) tccccggtgggTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtgat < 1:955883/229‑1 (MQ=255) ccGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGCTGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGCCGGGCGCGCGGGCCGGGGGGCTGCAAACAATTGGTTCCGGGGTGCTGGC‑GCCCCCCTCTGCGA‑TGTTTCGCCAAACCGGCCCGGGCAGCCCGGGGgggttggttg > 2:1028284/1‑233 (MQ=255) tGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTCCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTaa < 1:224468/238‑1 (MQ=255) ggTTTGGGGTGATGAAGGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCGTTTCTTTTTCGGTGCTGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TTGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATg < 1:986035/239‑1 (MQ=255) tgaATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAggg < 1:542400/199‑1 (MQ=255) aTGCCTGGTGGCTGCTCCTTCCCGGCGCGCTGTTCTTGTTCGGGGCCGGGATGGTGTTCCCGCGGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtg < 1:447904/239‑1 (MQ=255) gTTCCCCCCGCGCTGTTCTTTTTGGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCGGGCGGCCGGCGGCGCGATGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGGGGGCACGGCTGGCGGGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCt < 2:646504/239‑1 (MQ=255) ccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGGTTGTTGATCGTGCTTTGCTGGCGTCCCCTGGCGAc > 1:1136853/1‑238 (MQ=255) ccgcGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGAcg < 1:1028284/239‑1 (MQ=255) cTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCCAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGGCGCGGAt > 1:1089393/1‑239 (MQ=255) gTTCTTTTTCGGGGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATg < 1:287504/238‑1 (MQ=255) ttCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCGGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTc > 1:1194315/1‑239 (MQ=255) ttCTTTTTCGGTGCCCGGGTGGTTTGTGCGCGGGGGACCGGGGGGGGGGTGGGGGCGTTCCCCTTCC‑GGGGGGGCCCGGTTGGCGCGCTGGGTGGGGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTc < 2:1136853/239‑1 (MQ=255) tttctggTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCAt < 1:505079/234‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCCCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGGGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGGTGGCGCTGCAgg > 1:550033/1‑239 (MQ=255) ccGGGATGGTGTTTCCGCTGGCGGCCAGCGGCGCGAGGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCa < 1:1272561/238‑1 (MQ=255) 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ccGCGGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCa < 1:948545/239‑1 (MQ=255) gACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCg < 1:1107582/239‑1 (MQ=255) gcggcgCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCCGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCgcagca < 1:1114245/239‑1 (MQ=255) gATGGAGCCGTTCCCCTCCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATc < 1:562174/197‑1 (MQ=255) cttGGGGCCTTTCCCCTTCT‑TGGGGGGCACGGGTGGCGCGCTGGTCGGCGGGCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCTTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcat < 2:923726/237‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTCCCCTTCC‑TGGGGGGACCGGCTGGCGGGCTGGTCGGGGGTCGGCAAAACATTGGTTCCGGCGGGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 1:1243312/238‑1 (MQ=255) tGGGGCCGTTCCCCCTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCCGGCTGGTCGGTGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 1:612017/238‑1 (MQ=255) tGGAGCCGTTCCCCGTCC‑TGGCGGGCCCGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGtcatc < 1:385669/238‑1 (MQ=255) | TGTTTATTCTGCCGATTCCGGCAGCGTTTTTTGGCGCATGGTTTGCCGGACGTCCCAATAAACGCTTCTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCC‑TGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGC‑GTCGCTCTCTGCGA‑TGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGGATGTCGCATCAGGGGCAGCCCGTTTAAGCGCACGTCACCGCAGCATCGTCATC > NC_000913/3854664‑3855132 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |