| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,981,335 | A→G | 14.6% | E150G (GAG→GGG) | yifK → | putative APC family amino acid transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,981,335 | 0 | A | G | 14.6% | 196.6 / 3.4 | 104 | E150G (GAG→GGG) | yifK | putative APC family amino acid transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/41); new base G (12/6); total (56/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGC‑GGT‑TTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTAT‑‑TGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981110‑3981562 | cgttcgCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTcgcg > 1:1289194/1‑239 (MQ=255) cATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGGTCGCGATGATCAAAGTcaccac > 1:726583/1‑239 (MQ=255) tCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTGGGCGAGTCTGGCGGCGGTGCGGG‑TGTACGGCGAAATCGGGTTCTGGTTCGCGATGGTCaaaacgaccacag > 2:904174/1‑229 (MQ=255) gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGCGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATTGGGCGGCGGTGCGGG‑TGTACGGCGAAAGCGAGGTCTGGGTCGCGAAGATAAAAGGAACCAAGATTATAGtgaag > 2:27205/1‑237 (MQ=255) gCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGGAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCACAGCCACCACGCTTATAGtgttg > 1:804323/1‑239 (MQ=255) 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CGTTCGCCGTTTATGCGCATCGTTATATGAGCCCGTTCTTTGGCTATCTCACCGCCTGGTCTTACTGGTTTATGTGGATGGCGGTGGGGATCTCTGAAATCACCGCCATTGGCGTTTATGTCCAGTTCTGGTTCCC‑GGAGATGGCGCAGTGGATACCCGCATTGATCGCAGTGGCGCTGGTGGCGTTGGCGAATCTGGCGGCGGTGCGGT‑TGTACGGCGAAATCGAGTTCTGGTTCGCGATGATCAAAGTCACCACGATTATCGTGATGATTGTCATTGGCCTGGGCGTGATTTTCTTTGGCTTTGGCAATGGCGGGCAGTCGATTGGTTTTAGCAATCTCACAGAGCATGGC‑GGT‑TTCTTTGCGGGTGGCTGGAAAGGGTTCCTGACCGCTCTGTGTAT‑‑TGTGGTGGCGTCCTACCAGGGCGTGGAGCTGATTGGCATTACTGCCGGTGAAG > NC_000913/3981110‑3981562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |