| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,140,198 | T→G | 15.1% | H675P (CAC→CCC) | frwA ← | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and II components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,140,198 | 0 | T | G | 15.1% | 244.5 / 3.3 | 110 | H675P (CAC→CCC) | frwA | putative PTS enzyme: Hpr, enzyme I and II components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (36/47); new base G (23/3); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.91e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGACCGGTAGAGAAAACGGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCGCTTTCCAGTGTG‑ATGCACTCGGCGG‑TGACCAGCGGTGCGTCTTGTTGGGTCATGCGGAA‑TTGCGCCAGCAGGTGTTCTACTTCCAGCGAAGTACGGCAGGCCATTGCCTGGTTGAGCAACTTGCGGCACTCACGGCTATCAA‑GTTGCGCCATCCGAGCTTTCGCCGCCGGAATTGATGGTGCGCTCATGCTGAGTTCATCCAGCCCTAAGCCGACCAGCAACGGCAGCACGGAACCTTTCGCTCCCAGCTCACCGCACAGACCAATCCATTTGCCCTGGCGATGCACCGCTTGCACGGCGTAATCGAGCG > NC_000913/4139965‑4140435 | aTTTGCTGTGTGGAATGGCAAAACTAAAGCCCAGACCGGTAGAGAAAACGGCCTCGCGCGCCCACAAGTCGGCTTCCAGTTTACGCGGATAGCGGCAGCGGCCCGCCAGCAGCAGGTTATCGGTCATGCCTTTGAGCACTTCTTCTTTGCTGCGCCAGTCCCTTTCCAG‑GTGTATGCACTCGGCGG‑TGACCAGCGGTGCGGCTTGTTGGGTCATGCGGAA‑TTTCGCCAGCAGGTGGTCt > 1:1071011/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |