| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,319,404 | A→C | 11.7% | V68G (GTG→GGG) | phnJ ← | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,319,404 | 0 | A | C | 11.7% | 210.5 / 2.3 | 88 | V68G (GTG→GGG) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/29); new base C (3/11); total (47/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.26e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCTTCAGCA‑CGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGC‑GGTAAGCTGAATG‑CCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319168‑4319635 | gcgcGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCCCATCGTCCGTACGTTCCGTGGGGTTTACCCCGGCCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGGGTCTTCCGCG‑CCCCGGGCAACCAcg > 1:240038/1‑238 (MQ=255) 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tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGGCATCCGCG‑CCCTGGTCAATAACCTTcg > 1:263968/1‑237 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGAATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTTAAGAACTTTCGAATCGACCAGGCGTTGGTGGGGTCATCCGCG‑CCCTGGCAAATCCCCTTcc > 2:626762/1‑237 (MQ=255) gTTGCGCGCGGGTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCTTCAGCA‑CGTCGCTTTCGCCAAt < 1:690656/239‑1 (MQ=255) 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GCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCG‑CCCTGGTCAATCACCTTCAGCA‑CGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGC‑GGTAAGCTGAATG‑CCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGT > NC_000913/4319168‑4319635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |