| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,331,615 | A→T | 13.3% | M372L (ATG→TTG) | proP → | proline/glycine betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,331,615 | 0 | A | T | 13.3% | 192.1 / 2.1 | 79 | M372L (ATG→TTG) | proP | proline/glycine betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/57); new base T (9/3); total (19/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTATGGC‑TTCTACCTTGCCAGCGATGTTC‑CCGACGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGTTGGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTGAA > NC_000913/4331377‑4331841 | cTCCGAAGACCACGGGTTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTa < 1:792655/239‑1 (MQ=255) tCCGAAGCTCCCGGGGTGTGGATTTTTAGCTCCCGTTTGATCGGTTTTCTGGTTGTCCAGCCGGTTGTGGGTTTGCTGAGTTACCTTTTTGGGCGTCGTCCGTTTGTTCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTAt < 2:924374/239‑1 (MQ=255) cGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCCTTACCGCTTTACAGGGGTTTTgg > 2:288956/1‑239 (MQ=255) cACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACCGGCGTTTTGGC‑TTTTa > 1:257022/1‑238 (MQ=255) 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cATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTTATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTATGGC‑TTCTACCTTGCCAGCGATGTTC‑CCGACGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCggtgg < 1:485435/239‑1 (MQ=255) cATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTATGGC‑TTCTACCTTGCCAGCGATGTTC‑CCGACGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCggtgg < 1:541043/239‑1 (MQ=255) ttgggttttttttttGGCGGGTTACTTGTGCTGGGGGGGGTCCTTTACTGTTTTAGGGGCGTTTGGGC‑TTTCTCCTTGCCGGGGGTGTTC‑CCGACGCATAGCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCggtggt < 2:1305009/229‑1 (MQ=255) 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1:1300649/183‑1 (MQ=255) gttaTCCTTAACTGCTTTCCGGGTTTTATGGC‑TTCTGCCTTGCCAGGGATTGTC‑CCGCTGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGTTGGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGc < 2:253896/236‑1 (MQ=255) ttAACTTCTTTGCGGGCCTTAGGGC‑TTCTACCTTGCCAGCGATGGTC‑CCGACGCATATCCGTTACCGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGTTGGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGt < 1:526804/239‑1 (MQ=255) ccttgttttCGGGCTTTAGGGG‑TTCTAGCTTGCCGGGTGTGTTC‑CCGCAGCATTTCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTGAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGTTGGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCg < 2:197097/234‑1 (MQ=255) 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CTCCGAAGACCACGGGGTGCTGATTATTATCGCCATTATGATCGGTATGCTGTTTGTCCAGCCGGTGATGGGCTTGCTGAGTGACCGTTTTGGCCGTCGTCCGTTTGTGCTACTTGGTAGTGTTGCCCTGTTTGTGTTGGCGATCCCGGCGTTTATTCTGATT‑AACAGTAACGTCATCGGCCTGATTTTTGCCGGGTTACTGATGCTGGCGGTGATCCTTAACTGCTTTACGGGCGTTATGGC‑TTCTACCTTGCCAGCGATGTTC‑CCGACGCATATCCGTTACAGCGCGCTGGCGGCGG‑CATTTAATATTTCGGTGCTGGTTGCCGGTCTGACGCCAACGCTGGCGGCCTGGCTGGTCGAAAGCTCGCAGAATCTGATGATGCCTGCCTATTACCTGATGGTAGTGGCGGTGGTTGGTTTAATCACCGGCGTAACCATGAAAGAGACGGCAAATCGTCCGTTGAA > NC_000913/4331377‑4331841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |