| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,480,111 | C→T | 9.8% | L128F (CTC→TTC) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,480,111 | 0 | C | T | 9.8% | 312.8 / 2.6 | 117 | L128F (CTC→TTC) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/63); new base T (9/4); total (50/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGC‑GTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCAACGGCGTAAGATTTAGTTTTAATTGCTCTATGAAAGGGTTCTGGTGGGTGACCTTTTTCTTGCCGATTTTAATGGCCATTGGGATGGGGACTGTTTTC‑TTTATCTCGACAAAGATGCTACCTGCCAATAGTTCAAGTAGTGTTATTATATCCATGGTTCTGATGGCAATAGTTGGTATTGTTTCCATTGGTATTTTTAATGGTACTTTATATAGTCTGGTAATGAGTTTT > NC_000913/4479876‑4480344 | atttAAGCTTTTTCTTTATTCTAAGTTGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTTTGTTTTTTTCTATTTCGCAATCTTAATGACAGTGTCAGCAGATATGCCGCTTGTTGGTTGTGTTTTGACTTTGTTACTGTTGGTTTTGCTTATATTTATGGCAGCAAAAGGACTGC‑GTCATCAGGCCTTAA‑TGACCAGTCTCa < 2:240589/236‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |