| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 871,360 | A→G | 19.1% | S132G (AGT→GGT) | gsiC → | glutathione ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 871,360 | 0 | A | G | 19.1% | 103.4 / 4.6 | 49 | S132G (AGT→GGT) | gsiC | glutathione ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (8/31); new base G (8/2); total (16/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.74e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCG > NC_000913/871125‑871590 | gcgtgtGGGGTTGGATCAGCCGCTTTATCACCAGTTCGGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGA‑TTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTAt < 1:264851/234‑1 (MQ=255) gCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTT‑TTCCCGCCGCCTGGCGTACCCGTGTGGCGGGTCGGTT‑TGGTGTGTCCATTTGGGTGTCgg > 1:764265/1‑239 (MQ=255) gCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGCCTGGGCGGTTATATTTGGTATGTCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGGCTGGCGTAACCGGTGTCCGGATCGGCT‑TGGTTTGAGCATTGCgggttcgc > 1:906867/1‑233 (MQ=255) ccGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGGCCTCTGGCGTAACCGTTTGCCGGATGGATT‑TGGGATGACCATTTTGGTG‑Cgggg > 1:695779/1‑239 (MQ=255) 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gCCGTTTTATGCCAACGCTGTGGCTGCCCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 1:803029/239‑1 (MQ=255) gCCGGTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCAc < 1:10369/239‑1 (MQ=255) cggtttATGCCAACGGTGGGGCTGACCATTACCAGTATGGGCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGgcagca < 1:362410/233‑1 (MQ=255) 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tttttgttGGTGTGGGGGGGGGAATTA‑TGGCCGCCGGCGGGGGTAACCGGTGGGCGGATGTGTT‑GAATATGACCAGTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATGCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGGGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 2:822298/233‑1 (MQ=255) tataTTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGGCTGGCGTAACCGTTTGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 1:928717/238‑1 (MQ=255) taaatTTGGTATGGCGGCGGGAATTG‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGgcg < 1:186696/235‑1 (MQ=255) tatTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCg < 1:234343/138‑1 (MQ=255) 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gggCGTAACCGTTGGCCGGATCGAGT‑GAGTATGACCATGGCGGTGTCGGGGAT‑CTGGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCg < 1:819022/237‑1 (MQ=255) aCCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGGATGACCATTGCGGGGTCGGGGAC‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATGCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCCCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATta < 1:758970/238‑1 (MQ=255) tGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGTCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCCCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAGACTAAGGTTATATGCg > 1:995678/1‑239 (MQ=255) tGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTACGGGATTCTCCGTTGAACTGACCTGCCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCCCGGCCGGGACGATGCCGCCGTGGTGGCGCCGTTTACCCCCCCGTCGTTTGTCGAGGTTTTAAG‑GAAGaattgaattat > 2:1122411/1‑229 (MQ=255) aTCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGGGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAGGATTATATGCGTACcgcg > 1:518219/1‑239 (MQ=255) | GCAGCTGGGGTTGGATCAGCCGCTGTATCACCAGTTCTGGCACTATATCAGCAATGCTGTGCAGGGGGATTTTGGCCTGTCGATGGTGTCGCGTCGTCCGGTTGCCGATGAGATTGCCAGCCGCTTTATGCCAACGCTGTGGCTGACCATAACCAGTATGGTCTGGGCGGTTATATTTGGTATGGCGGCGGGAATTA‑TCGCCGCCGTCTGGCGTAACCGTTGGCCGGATCGATT‑GAGTATGACCATTGCGGTGTCGGGGAT‑CTCGTTTCCGGCATTTGCTCTGGGGATGCTTTTAATTCAGGTATTCTCCGTTGAACTGGGCTGGCTGCCTACCGTGGGAGCAGACAGTTGGCAGCACTACATTTTACCCTCCCTGACGCTCGGCGCGGCAGTGGCCGCCGTGATGGCGCGCTTTACCCGCGCGTCGTTTGTCGATGTTTTAAGCGAAGATTATATGCGTACCGCG > NC_000913/871125‑871590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |