| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,003,134 | T→G | 23.0% | C82W (TGT→TGG) | ycbU → | putative fimbriae protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,003,134 | 0 | T | G | 23.0% | 113.9 / 2.1 | 63 | C82W (TGT→TGG) | ycbU | putative fimbriae protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (24/20); new base G (2/16); total (27/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAA > NC_000913/1002899‑1003361 | aaaCGGTTTTTCAGTGCGTTACTTTGTTTTTTAGCTTTTTTAACAGCAATGGCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTAGGAATATTTATGGGAATGTGGTTGTTCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGGGcc < 2:796323/239‑1 (MQ=255)aaaCGATATTTCAGTGGCTTCTCTTGTTCCTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGcc 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2:154606/238‑1 (MQ=255) tatCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGAAACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCCTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGcca > 1:690707/1‑164 (MQ=255) gATATCCCCGGTTGGGCCGCTGGTAATACTGGCCCTGACGTCCGTTTTAGCGGCGAGGCTGGCGCCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTta < 1:608417/239‑1 (MQ=255) atatCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGACAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACCCAAAAATCAACTTCGTtat > 1:1134773/1‑239 (MQ=255) ttcccaggTTGTGCCGTTGGTATTACTGGGGCGGTCTTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATaa < 1:523062/233‑1 (MQ=255) | AAACGATATTTCAGTGCGTTATCTTGTTCTTTAGCATTCTTAACATCCATGTCGGGATGGCTGGGCCTGAACAAGTTAGTATGCATATTTATGGGAATGTGGTCGATCAGGGCTGTGATGTCGCCACCAAAAGTGCATTACAAAATATTCATATTGGTGATTTTAATATCAGTGATTTTCAGGCCGCGAATACCGTAAGCACTGCTGCTGATTTGAATATCGATATCACCGGTTGTGCCGCTGGTATTACTGGCGCGGACGTCCTTTTTAGCGGCGAGGCTGACACCCTTGCGCCGACACTGCTCAAACTAACT‑GACACAGGCGGAAGCGGTGGTATGGCAACGGGGATTGCCGTGCAAATTCTTGATGCGCAAAGTCAGCAAGAAATCCCGCTCAATCAGGTCCAGCCTCTTACGCCCTTAAAAGCCGGGGATAACACACTCAAATATCAACTTCGTTATAA > NC_000913/1002899‑1003361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |