| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,639,706 | A→C | 12.1% | C118G (TGT→GGT) | rrrQ ← | Qin prophage; putative lysozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,639,706 | 0 | A | C | 12.1% | 276.8 / 4.5 | 114 | C118G (TGT→GGT) | rrrQ | Qin prophage; putative lysozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/45); new base C (4/14); total (54/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TCCGACGATAAATCCTGACAACACGAGAAAAATCACCATGAATATCTGATTCACTGTTCTATCCCCCAGCAGGTTAA‑TGCGCTCTCCTGGTCACGACGAATAACCTGACCGTAACAGTTATTTGAACGAATGCGGCAATCGCGTCCGCCATCCTTAATCCACCAGCGAATCGCTTCGCATGCACCTTTACGATCACCAGCATTCAGCCGCTTATAAA‑ACGTCGACGGGAAACACTTACCGGGGCCAATGTTATA‑GGGACAAAATGACGCGATA‑CCCGCTTTTTGTGGTTCGGTCAGTGGTACTTTAATATTGCGCTCCACCCATGCCAGCGCCTTATCACGCTCAATGGCGTTGACCTGGTCGCA‑TTTTTCCTTCGACAGTTTCATATTGGGAAAAACGGTTTTTCCATCCACCACTGTGGCACCCCGACAGATGGTCCATATGCCAGAACCATCGCGGTATG > NC_000913/1639474‑1639936 | tCCGACGATAAATCCTGACAACACGAGAAAAATCACCATGAATATCTGATTCACTGTTCTATCCCCCAGCAGGTTAA‑TGCGCTCTCCTGGTCACGACGAATAACCTGACCGTAACAGTTATTTGAACGAATGCGGCAATCGCGTCCGCCATCCTTAATCCACCAGCGAATCGCTTCGCATGCACCTTTACGATCCCCAACATTCACCCGCTTCTAAA‑ACGACGCCGGGAAAAACTCAcc > 2:828930/1‑239 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TCCGACGATAAATCCTGACAACACGAGAAAAATCACCATGAATATCTGATTCACTGTTCTATCCCCCAGCAGGTTAA‑TGCGCTCTCCTGGTCACGACGAATAACCTGACCGTAACAGTTATTTGAACGAATGCGGCAATCGCGTCCGCCATCCTTAATCCACCAGCGAATCGCTTCGCATGCACCTTTACGATCACCAGCATTCAGCCGCTTATAAA‑ACGTCGACGGGAAACACTTACCGGGGCCAATGTTATA‑GGGACAAAATGACGCGATA‑CCCGCTTTTTGTGGTTCGGTCAGTGGTACTTTAATATTGCGCTCCACCCATGCCAGCGCCTTATCACGCTCAATGGCGTTGACCTGGTCGCA‑TTTTTCCTTCGACAGTTTCATATTGGGAAAAACGGTTTTTCCATCCACCACTGTGGCACCCCGACAGATGGTCCATATGCCAGAACCATCGCGGTATG > NC_000913/1639474‑1639936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |