| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,687,585 | T→C | 5.4% | E530G (GAG→GGG) | bcsC ← | cellulose synthase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,687,585 | 0 | T | C | 5.4% | 439.6 / 3.4 | 143 | E530G (GAG→GGG) | bcsC | cellulose synthase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (65/67); new base C (8/2); total (73/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGCTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCGCACGCGGCAGGCTATTGATATGCGCCAGCGCCGCTCTGTCCTGGTCATGACCAGAGAGGTACAGCCCGTAAGCGTAAACCTGCTCCGGGTCGTTCGACTTCTGCTGCGCCAGATTGCGCATTAACGTATCGGCCTGGCTGCGTTGTCCGGCCTGCCAGAGATCCTGCGAAAGTCGGTAAGTAATCCATACGCTGCCGGGGTCCAGCGCCAGTCGTTGCCGCTGAAGTGCTGCCGCCTGCGCCCATTTGCCCTGGTTTTCCAGTGCCTCTGCCTGCTGTGCCAGACGGTCGTTTTGCAGGCTGCGTTCGATATCATCAATGCTACGCCGCTGACTGGCAGAGAGCGAGGCGATAAACGCTTCAGCTTTTT > NC_000913/3687301‑3687870 | cAGCGCGGGCGGCGGTGTAATCACGTCGTTGTTGCGCCCAGTCAGCCAGCGTGAGGTCAATACGCGTGGAAGGTGGTTGCTGGCGCAGCATCGCTTCCGCTTCTGCCTCTTTGCCGCTTTCTCGCAGGCGGTTAGCGGTTTCCAGCACCTGATCGCTTTGCAGTCGATTAACCAGTTCCTGAATATTGCTGTTCCACTGCTCACGCGGCAGGCTATTGATATGGCCCCGCGCCGCCCTGTCCTGGTCCTGACCAGAGAGGTCCAGCCCCTAAGCGTGAACCTTCTcccg > 2:481910/1‑287 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |