| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,875,538 | C→A | 7.4% | A34E (GCA→GAA) | yidX → | putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,538 | 0 | C | A | 7.4% | 836.6 / 6.7 | 291 | A34E (GCA→GAA) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (144/111); new base A (27/3); total (172/119) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.66e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTACTGGAATAACGAAGAAGAAAAGGCA > NC_000913/3875254‑3875824 | ttGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAGGCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTATGCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTT‑TTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAggg < 2:254365/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |