| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 701,554 | A→G | 5.3% | L14P (CTC→CCC) | nagC ← | N‑acetylglucosamine‑inducible nag divergent operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 701,554 | 0 | A | G | 5.3% | 463.3 / 4.0 | 150 | L14P (CTC→CCC) | nagC | N‑acetylglucosamine‑inducible nag divergent operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/79); new base G (6/5); total (65/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
AGCACTTTGCTGCTGAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACATTACCTATCTGAGCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGAGACGTTTCTCAACGCCAATCGCACGCGCCGGATAGAGCGTCGCCATACGTAGCACTTCATCCAGTGCGATACCGCAA‑TGTTCGACCAGATTACGCACGCCTTCAATCATGGTTAAGGATGAACCGCTTAACGTA > NC_000913/701266‑701840 | aGCACTTTGCTGCTGAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTCATTTTGGTTACGATGGC‑TGGGCAAACCGGCTTTTCTTGGCAAACTGAAACCACGAGATTGGCCCGTACTGGGTCATCCGGCGATAAACCGCCGCCCTGTTAAGCTGTTTTACgac > 2:137697/1‑288 (MQ=255) aCTTTTCTGCTGAGATCAAGCAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGGTTGCGTGGCAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGG‑CCCCCGGTGTAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACgag < 1:1156297/287‑1 (MQ=255) aCTTGGCTGCTGAGATCAAACAGAGTGAGGGTGGCGTCATGACGACGAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACgag < 1:372796/287‑1 (MQ=255) gctgctGAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACa > 1:604173/1‑289 (MQ=255) 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gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCAGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGGTTTACGAGATCAACATTACCTATCTGAGCTTGTCCGCCTGgtg > 1:923820/1‑289 (MQ=255) gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGACCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATCTTGGTTTTGCTGGCGGGGGCAAGCCTGCTTTGCTCGGCAACCCGAATCCGCGCGATTGGCCCGCACTGGCTCATCAGGCGATAAACCGCCCCGCTGTTAAGCTGTTTTCCGAGATCAACATTACCTCCCTTAGCTTGTCCGCCTGgtg > 2:20258/1‑289 (MQ=255) gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGG‑CCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGCTAAACAGCCGCCATGTTAAGCTGTTTGACGGGATCAACATTAACTACCTGAGCTTGTCCGCCCGgtg > 2:128236/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |