| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,815,859 | Δ82 bp | [rph]–[rph] | [rph], [rph] | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3815859 | 3815940 | 82 | 34 [0] | [0] 34 | [rph]–[rph] | [rph],[rph] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3815858 | 0 (0.000) | 33 (1.330) | 31/264 | 0.0 | 100% | pseudogene (24/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| ? | NC_000913 | 3815941 = | 0 (0.000) | pseudogene (609/669 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH | |||||
ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCA > NC_000913/3815799‑3816077 | acacctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcc < 2:387610‑M2/1‑1 (MQ=255) cctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggcttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgtctcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTc < 1:359320‑M2/4‑1 (MQ=255) ctgcttgctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTcc > 1:388122‑M2/139‑143 (MQ=255) tgcttgcaaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTccc < 1:476166‑M2/6‑1 (MQ=255) ctaagcgcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCAc > 1:319114‑M2/132‑143 (MQ=255) gcaaattcagtaagctggcgctgatatggtttcatgacttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAat < 2:327402‑M2/18‑1 (MQ=255) gcaaattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatccgtttgccagctccgccttctgcCGTCCCCTCCACTT‑CAat > 1:128896‑M2/126‑143 (MQ=255) aattcaataacctggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAatgat < 2:188483‑M2/21‑1 (MQ=255) aattcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAatgat < 2:131463‑M2/21‑1 (MQ=255) ttcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttacaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTTCCAatgatg > 2:18407‑M2/121‑143 (MQ=255) ttcaataaactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGGCCCCTGCACTT‑CAACAATgc > 2:139093‑M2/121‑143 (MQ=255) aactggcgctgatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTc < 1:30554‑M2/30‑1 (MQ=255) ctggggcggatattgtgtcgtgccttccctcctcatgttacttttctacaggaataaaaaaggcggctcatcagtcgccttaaaaatctgtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCTGTCtt < 2:40451‑M2/32‑1 (MQ=255) ccctgctatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGt < 2:201136‑M2/36‑1 (MQ=255) gatatggtttcatgccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGtcatc > 1:100949‑M2/104‑143 (MQ=255) ccttcgctcctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTc < 1:42227‑M2/54‑1 (MQ=255) ctccgcatcttacttttcgacagacaaaaacaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGtctc < 2:63386‑M2/60‑1 (MQ=255) ctcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGGCTCTGc > 1:111974‑M2/81‑143 (MQ=255) tcatcttacttttctacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCGCGTCTTCGGTCAGCACTAC‑GTTCATGTAGGTCTCTgca > 1:15572‑M2/80‑142 (MQ=255) ttttctacagacaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGCCtt > 1:319153‑M2/70‑143 (MQ=255) cgtatacagacaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCtt < 1:84593‑M2/74‑1 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCCCTAC‑GCCCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGGCTTCAACGTGtt > 2:468507‑M2/61‑143 (MQ=255) acaaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAtt < 1:36170‑M2/83‑1 (MQ=255) caaaaaaaaggcgactcatcagtcgccttaaaaatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTc < 1:397275‑M2/84‑1 (MQ=255) 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ataatcagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCAGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAt < 1:70853‑M2/114‑1 (MQ=255) aaatcagtttgccagcgccggcttatgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACGAC‑GGTCATGCCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCCGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAtt < 1:313482‑M2/115‑1 (MQ=255) cagtttgccagcgccgccttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATAACTAC‑AATCATGTAGGTCTCTGCGACAGAGCCTTCAACGTATTCCAGATAGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAAttccaa > 1:476560‑M2/25‑141 (MQ=255) cgccgccttctccCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAACCCGCTTCGCCATTCACAATTCCGACAGAAACTGCg < 2:355770‑M2/130‑1 (MQ=255) ttctgcCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GCTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCa > 1:260947‑M2/7‑143 (MQ=255) | ACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCCCCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTT‑CAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTAC‑GTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCCAGATCGCAAACCGCTTCGCCGTTCACAATTCCGACAGAAACTGCGGCTACCA > NC_000913/3815799‑3816077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |