| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | 100% | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 97.6% | 130.3 / ‑6.0 | 49 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (26/18); minor base G (3/1); total (30/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528 | gCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTgatgga < 1:383775/227‑1 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGCAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATAGCGCt > 1:215255/1‑228 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 1:28285/1‑228 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAATGTTAAAGGAATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTTTGACTTCGAG‑GGTCTGATGGATGgcgtc > 1:69546/1‑226 (MQ=255) ggTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTAGGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCt > 2:491275/1‑216 (MQ=255) gTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTa < 1:491275/216‑1 (MQ=255) gAAGGCGCCCTTTTTGAAGCCACCCACGGTCCTGCGCCGAAATAGGTCGGTCAGGACAAAGTAAATCCGGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGACACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCa < 2:69546/228‑1 (MQ=37) ttttGAAGCCCCCCCCGGTACTGCTCCGAAATAGGCCGGTAAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGa < 2:215255/227‑1 (MQ=255) ttcgagtcacccccGGGTCTGCGCCTAAATCGGCCGGGCAGGCCAAAGGAAATACGTGCTCTATTTGTCGCGCGGCTGGGATGATGCTGAGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAT‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 2:201709/221‑1 (MQ=18) cccacGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGGTCATCg > 1:456913/1‑228 (MQ=255) cccGGTTCTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGa < 1:7438/225‑1 (MQ=255) aaaTATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGGAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGCGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAAAATGAAATAccta > 1:209881/1‑226 (MQ=255) ccGGTTAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTg < 1:642680/227‑1 (MQ=255) 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2:406798/1‑227 (MQ=255) cGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGGTGtttttt > 1:515906/1‑228 (MQ=255) agagtatgCGGGGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑g < 1:617410/223‑1 (MQ=255) atgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGAAACGACCCCGTTGTTTTTTGTTA‑Ggctgc > 1:551474/1‑228 (MQ=255) 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> 1:320218/1‑228 (MQ=255) aaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCg > 1:424841/1‑228 (MQ=255) tggTTTGGGAGGCGGAAGTCACGCTAAAACCGTAACCTAGGGCTTCGAG‑TGTCTGGTGGGTGGCGCTAACCTGCAGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCCATCAGCGAAAACATGTAATGTCTTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCgg < 2:288271/227‑1 (MQ=255) tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAACCATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGTAGCGTACCGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGATGCTTACGGTTATCAGAATTTTTTCAAAAAAATTTATCAAAAACCCTCgggtgtt > 2:343871/1‑223 (MQ=255) 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cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTTTCCAAAAAAGTTATCa > 2:5545/1‑205 (MQ=255) cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTGGTTTTGGGGt > 1:232968/1‑228 (MQ=255) cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGt > 1:69216/1‑228 (MQ=255) gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCaa < 1:5545/205‑1 (MQ=255) 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< 1:443784/228‑1 (MQ=255) cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGACAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGTTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCCACAAAAGTTTTTAAAACCCCCCGGAATTTTTGGGGTAGGCTGGCAGGGCGAGTGGTGGTTcatctaata > 2:490094/1‑220 (MQ=255) cGAG‑TGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTctactacta > 1:100362/1‑228 (MQ=255) | GCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAG‑CGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTA‑GGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTA > NC_000913/1196089‑1196528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |