| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,424,240 | G→T | 32.9% | L153F (TTG→TTT) | trkG → | Rac prophage; potassium transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,424,240 | 0 | G | T | 32.9% | 31.9 / 3.6 | 23 | L153F (TTG→TTT) | trkG | Rac prophage; potassium transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (4/11); new base T (6/2); total (10/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.93e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTGCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGCTTTATCAGTCAGAAATGCCGGGGCCATTTAAGGATGACAAACTCACTCCCCGCCTGGCCGATACGTCACGGACACTGTGGATAACTTATTCTTTATTAGGTATTGCTTGTATTGTCTGTTATAGACTTGCAGGAATGCCTTTGTTTGATGCTATTTGTCACGGGATTTCCACAGTTTCGCTTGGTGGTTTCTCAACT > NC_000913/1424016‑1424465 | ttttGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTGCCa < 1:106819/228‑1 (MQ=255) tGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTTTTGTT‑TTTCTATTTATTggga > 2:582224/1‑227 (MQ=255) 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1:95131/222‑1 (MQ=255) aTTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTGCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGCTTTATCAGTCAGAAATGCCGGGGCCATTTAAGGATGACAAACTCACTCCCCGCCTGGCCGATACGTCACGGACACTGTGGATAACTTATTCTTTATTAGGTATTGCTTGTATTGt < 1:94947/228‑1 (MQ=255) tACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTTCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGCTTTATCCGTCAGAAATGCCGGGGCCATTTTAGGATGACAAACTCACTCCCCGCCTGGCCGATACGTCACGGGAACTTTGGATAAATTATTTTTTATTAGGGATTGCTTTGAATGGCTGTTATAGACttttcgga > 1:153648/1‑222 (MQ=255) tCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTGCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGGTTTATTAGTTAGAAATGCCGGGGCCATTTAAGGATGGCAAACTCACTCCCCCCCTGGCCGCTACGCCACGGACACTGTGGGGAACTTATTCTTTATTTTGTGTTGGTTGTATTGTCTGTTATTTACTTTCAGGGATgtc > 2:494607/1‑226 (MQ=255) 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TTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGGTTGCTGTA‑TTGCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGCTTTATCAGTCAGAAATGCCGGGGCCATTTAAGGATGACAAACTCACTCCCCGCCTGGCCGATACGTCACGGACACTGTGGATAACTTATTCTTTATTAGGTATTGCTTGTATTGTCTGTTATAGACTTGCAGGAATGCCTTTGTTTGATGCTATTTGTCACGGGATTTCCACAGTTTCGCTTGGTGGTTTCTCAACT > NC_000913/1424016‑1424465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |