| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,594,550 | C→G | 20.8% | R58P (CGC→CCC) | lgoT ← | putative L‑galactonate:H+ symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,594,550 | 0 | C | G | 20.8% | 170.1 / 7.3 | 80 | R58P (CGC→CCC) | lgoT | putative L‑galactonate:H+ symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (48/13); new base G (3/15); total (52/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTG‑ATT‑ACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGA‑ATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATC‑TGGTGG‑CACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTACGCAAGGTTG > NC_000913/4594315‑4594781 | ccccAACCCAAACAGCGTAAAGTTGTGCCACACGCCAGACATGGCCGGGAACAGTTGACAGAAAAACAACCCCCGGCCCGGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGGGGCACTTAAGCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGt < 2:560256/237‑1 (MQ=255) acacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCgaga < 1:335822/239‑1 (MQ=255) acaaGAACGGCGTAAAGTTGTGCACCATTCCAGACATGTGCGGGGACAGGGACCAGAAGCACCTCCCCATGCCCATGATCGGGGGTGGGCCGTTACGGGCCAAAAGGGGGCCGCGAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCgaga < 2:1220605/239‑1 (MQ=255) cacGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAG‑CAAAGCGC‑CGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAA‑TCGTTAAATTTGCTACCGACCGCGAACTGCGGTCGGGAt > 1:1223939/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |