| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 98.2% | 162.3 / NA | 56 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (36/19); minor base G (1/0); total (37/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTT > NC_000913/1196165‑1196444 | aGGACAAAGTCAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGCAGGACCTAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAgtgt < 2:751292/143‑1 (MQ=37)aGGACAAAGGTGATCCTGACTTGATTATTCTCGCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTCGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAATGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAgtgt < 2:75731/143‑1 (MQ=255) gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAAGCGTAGGCTATGGCTTCGAGTGTCt > 1:517901/1‑143 (MQ=37) gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCt > 1:394752/1‑143 (MQ=255) gACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCt > 2:292763/1‑143 (MQ=255) cataGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTga < 1:624026/140‑1 (MQ=255) aaaGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTGCGCTCGGATCATACTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgat < 1:227871/143‑1 (MQ=25) tgaaTCCTGGCTCTAGTAGTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatggat < 2:920817/141‑1 (MQ=255) tGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGGCCTCGAGTATATGACGGATGGCGCTa > 2:110811/1‑143 (MQ=25) gCTCTATTATTCGCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACAGGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGCATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTaaa < 2:29042/143‑1 (MQ=255) tctATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAAct > 1:758769/1‑143 (MQ=255) ctactaTTCTCTCCGCGGAGATGACGCGGCGCCACACGGGTTGGACCGAAGCGGCTTACTTAATTGTTACAGGTATGGAAGGCGCAATCCACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActg < 2:797928/143‑1 (MQ=21) attattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATTGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActgct > 1:531766/1‑143 (MQ=255) ttattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActgctg < 1:299071/143‑1 (MQ=255) tctctcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGCTAAAGGTATGGAAGGCGCAACCAACGCGAACACCGTAACCGATGACTTCGAGTGTCTGAGGGATGGCGCTAAGctgctgcagc > 2:867674/1‑139 (MQ=18) 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1:1034147/142‑1 (MQ=255) gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTCAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTGGGTg > 2:1170888/1‑143 (MQ=255) gatgCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGCACTGTTCAGAGTTTGGTg > 1:63698/1‑143 (MQ=255) cgcCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGat > 2:172003/1‑143 (MQ=255) ggcgcaTGCGTTGGCCCGAAGCGGCTGACTTACTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTACCCTATGACTTCGAGTGTCTGATGCATGGCGACAAACTGCTGCACTGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatc < 1:295702/139‑1 (MQ=18) ccACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTGCAGCGTTTGGTGACGCGacca > 2:739420/1‑143 (MQ=255) cacaTGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatcat > 1:238010/1‑143 (MQ=255) gggtGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaaaa < 2:1027499/140‑1 (MQ=255) aCCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGGGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGGTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATGGAAAACATGTa > 2:838299/1‑143 (MQ=255) gAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAGACATGTAATg > 1:418815/1‑143 (MQ=255) aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGc > 2:773027/1‑143 (MQ=255) ggCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTAGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAACTGTTGCGAGTTTGGTGACGCGGTCATAGAAAACAGGTAAGGCCGTa > 2:408798/1‑143 (MQ=18) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTACTGCCGTAGTTTGtt > 2:1164554/1‑143 (MQ=255) aTTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTaaa > 2:1117952/1‑143 (MQ=255) gTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACCCGATCATCGAAAACATGTACTGCCGTAGTTTGTTACAtct > 2:311076/1‑141 (MQ=255) ttAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATtta < 1:292763/143‑1 (MQ=255) aaaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATttatt > 2:1122687/1‑143 (MQ=255) aaaGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGATATTGTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATttatt > 1:176756/1‑143 (MQ=21) gTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGGTGGCGCTGAAATGCTGGAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGCAAACAAGTAATGCAGAAGTTGGTTAAATTTATTAACg > 2:1086588/1‑143 (MQ=18) gTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACg > 1:623210/1‑143 (MQ=255) aTGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACgcg > 2:185821/1‑141 (MQ=255) gAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGc > 1:56491/1‑143 (MQ=255) gAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACAGCAGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGc > 1:47718/1‑143 (MQ=255) cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTatc > 1:144519/1‑141 (MQ=255) gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGGTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACg > 1:994491/1‑143 (MQ=255) aTCAACGCGAAACCCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTc < 1:61665/143‑1 (MQ=255) aaCGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCg < 1:773027/143‑1 (MQ=255) aaCGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGAGCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTACCGCTCCCg > 2:172106/1‑143 (MQ=255) 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2:800983/1‑143 (MQ=255) ccTATAACTTCGAGTGTCTGATGGATGTCTCTAAACTGCTGAAATGTTCAAAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgc < 1:1040143/143‑1 (MQ=37) cTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGGTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTACGCTGCTAAc > 1:656858/1‑143 (MQ=255) ttCGTGTGTCTGATGGATGGCGCTAATCTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACg < 1:861598/143‑1 (MQ=255) gAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAAATTATAATGTGAAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGtt > 1:1183823/1‑143 (MQ=25) | AGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTT > NC_000913/1196165‑1196444 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |