| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,280,131 | A→G | 12.7% | E51G (GAG→GGG) | yjcE → | putative cation/proton antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,280,131 | 0 | A | G | 12.7% | 172.1 / 2.7 | 71 | E51G (GAG→GGG) | yjcE | putative cation/proton antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/20); new base G (8/2); total (49/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCTCGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279899‑4280363 | ttttGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCTCGCTGG‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTg < 1:645467/238‑1 (MQ=255) 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aTGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGGGATTTTTGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGGGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTGTTTCCTGGGTGGTGCCGGGCTTTCCGCGGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGGGCCTTCTcctcgcgctatt > 2:31851/1‑229 (MQ=255) gAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTggtggtggt > 1:62102/1‑134 (MQ=255) | TTTTGCGATATTCTGAAAAAAATGAGAATTCAGGCATAACGTCTTTCTCAGATCATAAAAAACATCGCAAACAGGGAACGCATGGAAATCTTCTTCACCATACTGATAATGACCCTCGTGGTCTCGCTGT‑CCGGGGTGGTCACT‑CGTGTCATGCCCTTTCAGATCCCGCTTCCGCTTATGCAAATCGCCATCGGTGCGCTACTGGCGTGGCCGACGTTTGGTTTGCATGTG‑GAGTTTGATCCTGA‑ACTCTTTTTAGTCTTGTTTATCCCGCCGTTGCTGTTCGCTGATGGCTGGAAAACGCCGACCCGTGAATTTCTCGAACATGGTCGAGAGATTTTCGGCCTCGCGCTGGCGCTGGTGGTGGTCACCGTGGTCGGCATTGGCTTCCTTATTTACTGGGTGGTGCCGGGCATTCCGCTGATCCCTGCCTTTGCGCTGGCGGCGGTGCTTTCTCCGACCGATGCT > NC_000913/4279899‑4280363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |