| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | 79.2% | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 79.2% | 128.8 / 26.1 | 68 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/8); new base T (22/28); total (31/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
GTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAG > NC_000913/1196078‑1196541 | gtatcggtatcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga < 1:953988/238‑1 (MQ=255) 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tggcTTCGGGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGtctc < 1:121490/236‑1 (MQ=255) tGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTTAAATGTTCAGATTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGCAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTACCGACAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATGAACATTTTATCAAAACAACATATCAAACCACCCCGGTAGGTTTGGGTTAGGCCGACCGGCAAGGTGTAAGTTataatacaaatccc > 2:997275/1‑232 (MQ=255) cTTCGAGGGTCGGATGGATGGCGCTAAACTGGTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCTATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCca < 1:581160/239‑1 (MQ=255) cGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgt < 1:225442/118‑1 (MQ=255) cGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGCGGTAGTTCTACTACTAGTCTccaccat > 1:44742/1‑234 (MQ=255) cGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTCGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGAAGTTTACCTACTAGTCCCCcacaa > 2:121490/1‑238 (MQ=255) agAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTACCGGGAGCGTAACGCTCCCgt > 2:225442/2‑118 (MQ=255) aGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTTTCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGGAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGGGGTAGTTTTACCACTAGTTCCCCAAATAg > 2:72691/1‑239 (MQ=255) | GTATCGGTATCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTG‑CGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATG‑CCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAG > NC_000913/1196078‑1196541 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |