| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,879,936 | T→G | 22.3% | T62P (ACC→CCC) | gyrB ← | DNA gyrase, subunit B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,879,936 | 0 | T | G | 22.3% | 127.8 / 6.9 | 68 | T62P (ACC→CCC) | gyrB | DNA gyrase, subunit B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (18/33); new base G (15/2); total (33/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAATTTTACCCTCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATACTTGGGTTAATCCGTTATTTTACC > NC_000913/3879699‑3880165 | tatatttCCCCGCGCGGTGGATACCCAG‑TCTAGGTTTGTGGGACAGGGC‑TTTGCTCACCGAACCACCACCGCCGTGCAGACCGCGGGATCTTTTAT‑GGGTGTTAGCGCCAAA‑TTTGCCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTCCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTg < 2:320698/235‑1 (MQ=255) tCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGGGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATCCGCCCCCTTCCGGGAGAATACCGGTCGGACTCCCGCGCCCGACATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGGTATAGAGGAGGATGGGGACGAAAAta > 2:309357/1‑236 (MQ=255) tCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGGGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCTCCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATCCCGCGCCCGCCATCC‑TGTAACAG‑GCAAGGGTTATCGGCGTGGAGGGGGAGGAAAAtttt > 2:698734/1‑238 (MQ=255) tCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGCGGGTAATTTTTTTCCACGGACCCCCGAg > 1:229065/1‑239 (MQ=255) tCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGGGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGCCAGAGTTATCGGCGTGCATGTGGACGAGAATTTTTTTACAGGGACCcgcgc > 1:1107007/1‑237 (MQ=255) tGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGGGAAAGGGGACGGTAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTtcgtc > 2:125018/1‑239 (MQ=255) gtcggggCGTTTCTG‑ACCCAACCCCCAACGCGTGGCAGACCGCC‑GACAATTTTTAAGGAGTTATCACAAAA‑TTTACCCACTGGGTGAAGAAGGGTCAGGATCATTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGa < 2:870482/234‑1 (MQ=255) gACAGGGCATTTACT‑ACCGAAACCCAAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGGTTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGa < 1:703526/238‑1 (MQ=255) cGCCGTGCAGCCCGCGGGACACTTTAT‑AGGAGTTACCGTCAAA‑TTTCCCGCCTGCGTGCAGAACGGTAATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCAtg < 1:962813/239‑1 (MQ=255) tGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGCCAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCCTCGGCGTTAGAGGTATCTACAACCCCGAATaaccagtgggg > 2:213861/1‑229 (MQ=255) tGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGGCGATAATTTCTTTTCAGTGACCCGCCAGCGCTTCGTCGATAGAGGTATTAACCACCCCCAAAACCaattgggg > 2:168495/1‑232 (MQ=255) tGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGACGGTAATTTCTTTaaa > 1:181600/1‑180 (MQ=255) actcTTTAA‑AGGGTTTACCGTAAAG‑TTGCCCGCCGGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTCCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGcc < 1:125018/235‑1 (MQ=255) ttttaagggAGTTTCCGTAAAT‑TTTCCCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCCCTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCa < 1:413180/232‑1 (MQ=255) tttAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAAAGGTGACGATAATTTCTTTTCAGTGACCCGCGAGCCCTTCGTCGGTGGCGGTTTATACCACCCCCAATACCACGTGGGGGAGACCGGTCCCGGCa > 2:761159/1‑238 (MQ=255) gTTTTCGTCATT‑TTTCCCGCTGGCGTGCGGAGCGGTCAGTGTCCCTCCCGCCGCCTGTACGCCCTGTTACGGGTGAACGCCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCg < 2:691464/238‑1 (MQ=255) ttATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCTCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCCTCGGAGCTAGCGTTAACTAACACCTCGAAAAACATGTGGTGCCGACCGGGGGCGGCAACCGTGACGca > 2:793951/1‑238 (MQ=255) 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aTCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATTTGGTGCAGACCGGGGCCGTCATCCGGGTCGcccg > 1:92112/1‑237 (MQ=255) aTCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCGCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ATAGTGACAGAGTTATCGGCGTGCATGGTGACGATAATTTCTTTACa > 1:472115/1‑153 (MQ=255) cGCCTGCGGGCAGAACGGGCAAGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCggg < 1:213861/239‑1 (MQ=255) tcctGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCggg < 1:391191/218‑1 (MQ=255) 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cgccgATTCGCCCTCTTCCGGGGTAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACtt < 2:92112/239‑1 (MQ=255) ccgATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGAt < 1:244374/91‑1 (MQ=255) ccgATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGGGACGAt > 2:244374/1‑91 (MQ=255) tACGCCCGCTGCCGGGTGAATACGGGTCGGAATGCCGCGCACGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTCACGATAATTTCTTTACAGTGGCCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATGCCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATa < 1:64696/238‑1 (MQ=255) cccTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTTCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGCGCGCTTTCGCACCCCATCCAGCCCTTTTCGGACTTTCATACTtga > 1:479352/1‑239 (MQ=255) cctcctCCGGGGTAATCCCGGTCGGAATGCCGCGACCGTCATCC‑TTG‑ACAGGAGCAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGGCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTggag < 2:698661/239‑1 (MQ=255) ttCCGGGTTAATCCCCTTCGGAAGTGCGGGCCCGGACTCC‑TTT‑ACAGGGACAGCGTTATCGGCGTTAATGGTGACGATAATCTCTGTACAGTGCCCCTCGAGGCCTTCGTCGATAGCGTTAGCTACCGCCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGCCTTTGATACTGGAGGAGt < 2:836142/239‑1 (MQ=255) 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1:500456/1‑128 (MQ=255) agacagagTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCg < 2:500456/128‑1 (MQ=255) agacagagTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTAAGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACCTTGATACTGGAGGAGGCATAAGAATTCGACATCAACGTTTTTTGCTCATTTTTACTTTGGTTa > 1:411566/1‑239 (MQ=255) agacagagTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCCTTATACAAACCCGGGCGCTTACGACCCGCCTCCACCCCTTTCAGGGCTTTGTTACTGGGGGAGGCATAAGAATTCGACCTCAACCTTTCTCCCTCATTTTTCTCTGGGTTa > 2:521872/1‑239 (MQ=255) acagagTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTTCGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTTGAGGAGGCATAAGAATTCGACATCAACGATTCCCGCCCCTTTATACTTGGGTTaa > 1:535529/1‑238 (MQ=255) 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gTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGTTACTGGAGGAGGCATAAGAATTCGACATCACCGTTTCCCGCCCATTTTTACTTGGGTTAATCCGTTAtttttc > 1:586584/1‑235 (MQ=255) gTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGGGCCCCGCGAGCGCTTCGGCGATAGCGTTATCTACCCCCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGGGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATACTTGGGTTAATCCGTTATTTTAcc < 2:999033/238‑1 (MQ=255) gTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGGGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATCGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGTTTCCGTCATCCGTGTCCCCGATATACATCCCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACATTGTAACTGGGGGTTTATAAAGAATTCGACAGCCCCCTTTTTCTCCCATTTTACCTTGTGGTAATACGTttttttcc > 2:691132/1‑235 (MQ=255) | GAATTTTACCCTCGCGCTGGATAACCAGCTCCA‑GTTTTTGCGACAGGGCGTTTACT‑ACCGAAACACCAACGCCGTGCAGACCGCCGGACACTTTAT‑AGGAGTTATCGTCAAA‑TTTACCGCCTGCGTGCAGAACGGTCATGATCACTTCCGCCGCCGATACGCCCTCTTCCGGGTGAATACCGGTCGGAATGCCGCGCCCGTCATCC‑TGT‑ACAGAGACAGAGTTATCGGCGTGAATGGTGACGATAATTTCTTTACAGTGACCCGCGAGCGCTTCGTCGATAGCGTTATCTACCACCTCGAATACCATGTGGTGCAGACCGGTGCCGTCATCCGTGTCGCCGATATACATACCCGGGCGCTTACGCACCGCATCCAGCCCTTTCAGGACTTTGATACTGGAGGAGTCATAAGAATTCGACATCAACGTTTCTCGCTCATTTATACTTGGGTTAATCCGTTATTTTACC > NC_000913/3879699‑3880165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |