| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,239,855 | A→G | 17.6% | E326G (GAG→GGG) | dadX → | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,239,855 | 0 | A | G | 17.6% | 112.4 / 2.1 | 57 | E326G (GAG→GGG) | dadX | alanine racemase, catabolic, PLP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/31); new base G (7/4); total (22/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCG‑CCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCA‑AAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGA‑TGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAAC‑TTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCA‑ACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGG > NC_000913/1239653‑1240091 | gcgcgcGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCG‑CCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTCAGCCGGGTGGGCCGTGGGGCAAGGAGGTCACAAATGGATG‑TGTcggcgcccgcgccggcaa > 1:894877/1‑228 (MQ=255) cgcgcgATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCG‑CCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGGATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGGAAGGAGGTCA‑AAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACg > 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aGGAAAACA‑AAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGA‑TGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAAC‑TTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCA‑ACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTcccc < 1:654893/238‑1 (MQ=255) agaTCA‑AAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGA‑TGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAAC‑TTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCCGGTCAGCA‑ACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCgg < 1:429192/237‑1 (MQ=255) | GCGCGCGATGAACAGCGAATCGGCATTGTCGCCGCAGGGTACGCCGACGGTTATCCGCGCCACGCG‑CCTACCGGTACCCCTGTTTTAGTGGACGGCGTGCGCACCATGACGGTGGGGACCGTCTCGATGGATATGCTAGCGGTCGATTTAACGCCTTGCCCGCAGGCGGGTATTGGTACGCCGGTTGAGCTGTGGGGCAAGGAGATCA‑AAATTGATGATGTCGCCGCCGCTGCCGGAACGGTGGGCTATGAGTTGA‑TGTGCGCGCTGGCGCTACGCGTCCCGGTTGTGACGGTGTAAC‑TTGTTGTAAGCCGGATCGGAGGCAACGTCTTCTGGGTGCAAAAAAATCATCCATCCGGCTGGTCAGCA‑ACTGTAGTTGTTAATGTGACAGAGCCATTGCCCATGATAGTGTCCATTAAAAGGATGGACACTATTTCCCCGG > NC_000913/1239653‑1240091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |