| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,978,862 | A→C | 14.9% | T88P (ACC→CCC) | wzyE → | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,978,862 | 0 | A | C | 14.9% | 170.0 / 2.0 | 85 | T88P (ACC→CCC) | wzyE | putative ECA polysaccharide chain elongation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/24); new base C (6/10); total (51/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACGTGGGTGATCCTGATGGGTATCGCGCTGGTAAGCGTCGGCATCTTCTTCATGCACAACGGCTTTTTGCTGTTCCGGCTTAACTCCTAC‑AGTCAGATCTTTTCCAGTGAAGTCTCCGGCGTGGCGTTAAAACGCTTCTTTTACTTTTTCATCC > NC_000913/3978625‑3979099 | cTGTTTGTTGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGCACTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTGTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCa < 1:620097/238‑1 (MQ=255) tgtttgttGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCAcc > 1:473306/1‑239 (MQ=255) tttgttGTCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGGATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTa > 1:891817/1‑239 (MQ=255) gttgtCTGGCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTCCGGGCTGCTTCTACCCGGTTTACTATTTCCCCTACaa > 2:906169/1‑239 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTTCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTACCCTACAAAACCCg > 1:699193/1‑238 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTCCCAAAc > 1:709690/1‑235 (MQ=255) ggCTGCTCTGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCg > 1:754334/1‑238 (MQ=255) ctGCACGCTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTCCTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCa > 1:812242/1‑239 (MQ=255) ttGTTTATTGCCCCGCTGCCTTTGTTTGTTTTTCGCCGTGTTGGTTTTACCTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGTTGTTTTTGCTCTCTTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGCCCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGTTGCTTCTACGCGTTTTACTATGTCACCTACAAACCCCGCCTACGCAAACGCGt < 2:977164/238‑1 (MQ=255) cTGTTTATTGCCACGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCTCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTCCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGGGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGt < 1:916222/239‑1 (MQ=255) 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cGCTGACCTGGTTTGAGTTTCGCCGTGTGCGCTTTAACTTCAATGTCTTCTTTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACCCGTTGCTGGTGTAcc > 1:962394/1‑238 (MQ=255) tttttGAGTTTCGCTGTTTGCGCTTTAACTTAAATTCCTTCTTTTACTTTGCT‑TTGTTGCTCCCCTTTTTCTTCGGCCGCCCGCTGACCAGTGTGCTGGTATTTCGCTTTGAGTGTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCGGGCGTTGCTTCCTGCGGGCTGCTTCTACCCGTTTTACTAGGTCACCTCCAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCg < 2:1053837/237‑1 (MQ=255) tgtttttCGCCGTGTGTCTTTTAATTTCAATGTTTTCTTTT‑CTTGGCTTTTTTTGCTCCTTTTTTTTTTGGGCTCCCCCGTGACCAGGGTGCGGGTATTTCGCTTGGATGTTGGTGTCGCGCCCCAAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCCCCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGt < 2:754334/235‑1 (MQ=255) 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tttttctttt‑cttTTTTTTTTTTTCTCCCTTTTTTTTTCGGCTTCCCGTGGCCCAGCGTGCTGGTTTTTGGCTTTGAGTTTGGGGGCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGTTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCCCCTACAAACCCCGCCTACGCAAACGTGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTAc < 2:473306/236‑1 (MQ=255) ttcttTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCCCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACCGCGTGGAGACCAATCTTACggg > 2:385794/1‑237 (MQ=255) tcttTT‑CATTGCTGTTTTTGCTCACCTTTTTCTTCGGCTTCCCGCTGACCAGCGTGCTGGTATTTCGCTTTGATGTTGGTGTCGCGCCGCCAGAAATCTTGTTGCAGGCGTTGCTTTCTGCGGGCTGCTTCTACGCGGTTTACTATGTCACCTACAAAACCCGCCTACGCAAACGCGTTGCTGATGTACCGCGCCGTCCGCTGTTTACCATGAACAGCGCGGAGACCAATCTTACGTgg > 1:383417/1‑239 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |