| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,813,072 | A→C | 19.5% | T114T (ACA→ACC) | dfp → | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,813,072 | 0 | A | C | 19.5% | 152.2 / 4.0 | 84 | T114T (ACA→ACC) | dfp | fused 4'‑phosphopantothenoylcysteine decarboxylase/phosphopantothenoylcysteine synthetase, FMN‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/22); new base C (2/18); total (42/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.96e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGAAACATCTGAACATTA > NC_000913/3812837‑3813304 | gcgTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCt < 1:531886/239‑1 (MQ=255)gcgTAGCCATGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCt < 1:901067/239‑1 (MQ=255) tagggccGAATCGGCAAAACCCTTTATCTCCCCGCTTAGCTTGCATGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTTTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTg < 2:49139/234‑1 (MQ=255) tGACCGAAGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGGAGCCGCTATGGGCCAAATTGAGCTTGGGAAATGGGCTGATTTTGTGATTTCCCCCCCTGCCACCGCCGATTTTATTTCCCGGGTTGCCGCCGGCATGGGGGATTAACTGGTATCGACGATTTGTCTTGCTCCCCCTGCGGCTGTa > 2:349284/1‑239 (MQ=255) aaGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGt > 1:448779/1‑238 (MQ=255) aGCGGCAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTTATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATTGCGAATGACCTGGTATCGCCGATTTGTCTTGCTTCCCCTGCCCCTGTAGCCgg > 1:656998/1‑236 (MQ=255) cAAAAGCCTTTATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGTACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGGTTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGCCGCTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCCGTAGCCGTGCTccc > 1:1083180/1‑238 (MQ=255) cTTTATCACCCCACTTAGCGTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCACGCCAt < 1:604249/237‑1 (MQ=255) ttattccccccACTAAGCTTGCGGGCGTTTTCTGGTTACCCCTTTTCCGAC‑ATTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGCGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTCCCCGTGTTGCTGCCGGAATGCCGAATGCCCTGGTATCGACGATTTGTCGGGCTACCCCTGCGCTGGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGaa < 2:656998/232‑1 (MQ=255) ttacACCCCCCTTGGCTTGCGGGCGGTTGGTGGTTACCCCGTTCCGGAC‑AGGCGGCGGTCCCCGGCGGCCGAGCCCGCTATGGGCCATATTGAGCGGGGAAAAGGGGCGGAGTTAGTGTTTCTCGCCCCGGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCGGGAATGGCGATGGACCGGGTACCGACGATTTGTCGGGCTACCCCGGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAcc < 2:1083180/236‑1 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGGC‑AGTCTGCTGGACCCCGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTTAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGGAAGACCTGGGGTCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAAc > 1:654967/1‑238 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGTTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCTTGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGTTTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCCTGAAcc > 1:1429524/1‑239 (MQ=255) tATCACCCCACTTAGCTTGCAGGCGGTTTCTGGGTATCCCGTTTCCGAC‑AGTCTGCTGGACCCGGCAGCCGAAGCCGCTATGGGCCATATTGAGCCGGGGAAATGGGCTGATTTAATGGTTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTTTCTGGCTACACCTGCGCCCGGACCCGTGCTCCCCGCCCTGAAc > 2:78291/1‑238 (MQ=255) 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tgCTATGGCCCATATGGCGGTGGAAAAGGGGGTTGTTTTGGGGATTCTCGCCCCTCCCCCGGCAGTTTTGATTCCCCGGGTCGCTCCCGGAAGGGCAAAGGCCCTGGTATCGACGATTGGTCTGGCTACCCCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTggggg < 2:351181/237‑1 (MQ=255) cgcttggggCCATATTGGGCTGGGAAAATGGGCTGATTTAGTGTTTCCCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGc < 1:663036/233‑1 (MQ=255) aTGGGCCATATTGAGCTGGGTAAATGGGCTGATTTAGTGATTCTCGCCCCTGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGa < 1:375083/239‑1 (MQ=255) 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ttccACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATAACTTGGTATCGCCGACTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGACCCAGCCGACGTACCGTGCCGCTGCTACGCATCATACTTTACAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCTTCTGGGGGCCGTACAGCGGAAGGCAGGCTTCGGGTGA‑ATCGGGTCGTGAGCGAATgacagagc > 2:1085374/3‑232 (MQ=255) tGCCGCGGCAGATTTGTTCGCGCGTGTTGCTGCCGGAACGGCGAATGACCTGGTATCACCGATTTGTCTGGCTCCACCTGCGCCTTGAGCCTTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGC‑‑‑ATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCT‑GGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGtt < 2:466426/239‑1 (MQ=255) tGCCACGGCAGATTTGATTGCCCGTGTTGCTGCCGGAATGGCGAATGACCTGGTATCGACGATTTGTCTGGCTACACCTGCGCCTGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGAt > 2:820232/1‑238 (MQ=255) 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acggccgaTTTGTCTGGCTCCCCCTGCGCCTGTAGCGGTCCCCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 2:1328389/234‑1 (MQ=255) accggcgaTTTGTCGGGTAACATCTGCGCCGGTAGCCGTGCTCCCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 1:116446/234‑1 (MQ=255) accggcgaTTTGTCGGCCTCACCCGGCGCCTGTAGCCGTCCTCTCCGCCATGAACCAGCAGATGTACCGTGCCGCTGCCACGCAGCATAATTTAGAGGTGCTTGCTTCCCGTGGTTTGCTCATCTGGGGGCCAGACAGTGGCAGTCAGGCTTGTGGTGATATC‑GGTCCTGGGCGAATGCTCGATCCGTTAACCATTGTGGATATGGCGGTAGCGCATTTTTCGCCCGTCAACGACCTGa < 2:614961/234‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |