| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 421,608 | T→G | 11.0% | V208G (GTG→GGG) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 421,608 | 0 | T | G | 11.0% | 263.8 / 4.8 | 116 | V208G (GTG→GGG) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/58); new base G (12/3); total (54/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
GCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGTGATGTTTGC‑TTACGGTGGGATCG‑AAATTATCGGGATTACCGCCGGTGAAGCGAAAGATCCTGAGAAATCGATACCGCGTGCGATTAACTCCGTGCC‑GATGCGTATTCTGGTGTTCTACGTCGGTA‑CGCTGTTCGTCATTATGTCTATCTACCCGTGGAATCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAA > NC_000913/421371‑421845 | gCGTGGTGCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGt < 1:417055/238‑1 (MQ=255) ggtgCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGGAACGGCGGCTTCCTCAGTAACAGCTGGGTTGGCCAGGTAATGTCGTT‑GA‑AAATAGGGATGt > 1:878889/1‑239 (MQ=255) ggtgCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTTCGTAACGGCTGGGCTGGGCTGGTAATGTCGTTGGC‑AAATGG‑GATGt > 2:417055/1‑239 (MQ=255) ggtgCTGATCATTTGCGCCGTAAACCTGATGAGCGTGAAGGTATTCGGTGAGCTGGAATTCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTTGCCTGGTAATGTCGGT‑GC‑AAAATGGGATGt > 1:936254/1‑239 (MQ=255) 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ttCTGGTTCTCGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGTGATGTTTGC‑TTACGGTGGGATCG‑AAATTATCGGGATTACCGCCGGTGAAGCGAAAGATCCTga < 1:334038/239‑1 (MQ=255) ttCTGGTTCCCGTTCTTTAAAGCCGCCCCCATCATCATCATGATGGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCGGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGTATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGTTTCTTCAGTAACGGCTGGCTTGGCATGGTAATGTCGTT‑GC‑AAATGGTGATGTTTGC‑TTACGGTGGGATCG‑AAATTATCGGGATTGCCGCCGGTGAAGCGAAAGATCCTga < 2:805189/239‑1 (MQ=255) ctcGTTCTTTAAAGTCGCCACCATCATCATCATGATTGTCGCCGGTTT‑CGGCATCATCATCTGGGGGATTGGCAACGGCGGGCAACCGACCGGGATTCATAACCTGTGGAGCAACGGCGGCGTCTTCAGTAACGGCTGGCTTTGCATGGGAATGTCGTT‑TC‑AAATTGGGTTTTTTTT‑TTTCGGGGGGGTCGAAAATTTAGGGGTTTACCCCCGG‑GGAGCGGAAAATCCCGGGaaaacca > 2:946805/1‑235 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |