| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,798,500 | T→G | 10.3% | H148P (CAC→CCC) | pheS ← | phenylalanine tRNA synthetase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,798,500 | 0 | T | G | 10.3% | 340.8 / 4.2 | 128 | H148P (CAC→CCC) | pheS | phenylalanine tRNA synthetase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (57/53); new base G (15/3); total (72/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.92e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
GTGCCTTTCAGGTTGGTAAAGCTGATGTTGGTATCAACAATCAGACCTTCCATCTGATGGAACATCGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGC‑GCGCGCCGGGTGGTGACCAGGAATGTTCAGAGCATCGAAGTTATGATAATCGTCTTCGATTTCCGGCCCGGTTGCCACGGTAAAGCCAAGCTCACCGAAGAAACTTTCGATACGGTCGATGGTACGGGTAACCGGATGCAGACCGCCGTTTTCAATGCGACGACCTGGCAGAGAGACATCAATCGTTTCCGCCGCCAGACGCGCATTCAGTGCAGCGCTTTCCAGTTCCGCTTTACGCGCAT > NC_000913/1798266‑1798728 | gTGCCTTTCAGGTTGGTAAAGCTGATGTTGGTATCAACAATCAGACCTTCCATCTGATGGAACATCGGCGTGTGAGTCTGGTCGTAGTCGTTACGATAAACACGGCCAGGCGCGATGATACGAATCGGTGGCTGCTGGGCTTTCATGGTGCGGATCTGTACGCCAGAGGTCTGGGTACGCAGCAGGCGGGTAGTGTCAAACCAGAAAGTGTCGTGGTCAGC‑GCGCGCCGGGTGGTGAc < 1:1547334/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |