| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,151,689 | G→T | 27.6% | intergenic (+43/+22) | yegJ → / ← yegK | uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,151,689 | 0 | G | T | 27.6% | 49.6 / 9.5 | 56 | intergenic (+43/+22) | yegJ/yegK | uncharacterized protein/ser/thr phosphatase‑related protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/13); new base T (5/11); total (32/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.07e-01 | |||||||||||
AATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGT‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAAT > NC_000913/2151492‑2151924 | aatgtgggaaGGAGTGAAAAAAAAAGAAAGAATATTTTTCAGATTGGATGTAGCCGCGGGGGAATAAAATTTAAGGCGGTTATCCCATTTATCTTTTTTTGGTCACCTATCAAAAAGAAGAAGCCGCCGAGTTAAGAACAAATTTAGTCCCCTAACCAGCCTTTTTTTTTATTGTTTAAACGGGC‑GGTTGAA‑TTTTTTT‑CTT‑CAT‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCa < 2:1213417/230‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaaaaGTTATTCCAGAGTTGGTGTATCCGCGGGGGAAAAAAATTTAGGGCGGTTAAACTATTGATCTTTTATTGGCCCCTTATACAAAAAAAGAAGCCGACGAGAAAAGAGCAAAATTAGTTCGATAATCAGCCTTTATATTTTTTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAT‑TTGTTGT‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTatcat < 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ttAAACTGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGT‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAAATCACTCTGCCCCCAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CCAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGcaca > 1:581375/1‑204 (MQ=255) gtGGC‑GGTAGAT‑TTTTTGT‑CCT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACTTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGa < 1:978505/238‑1 (MQ=255) ggggTTAAA‑TTTTTTT‑CTC‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATa < 1:1236316/236‑1 (MQ=255) ttgt‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTaaag > 1:207845/1‑175 (MQ=255) gt‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAAt > 2:474019/1‑236 (MQ=255) gt‑CTT‑CAA‑CCGCAATGAGAAACTCACTCTAACCACAGCGCCAGTGCCATCGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGCCACAAACTGCTTTAACATTTCCGGAAATAAAT‑CGAA‑TTGTTCCTGAGTTGAAGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAACGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCTCTGGATAGCATCCGTAAAt > 2:1538222/1‑236 (MQ=255) | AATATGGCCAGGAGTGGAAAATCAAGAAAGAAGATATTTCAGACTGGATGTATACGCGCGGGGATAAAATTTACGGCGGTTATACCATTGATCCTTTATTGGTCACCTATCCAAAAGAAGAAGCCGACGAGCTAAGAGCAAAATTAGTTCGCTAATCAGCCGTTATATTTATTGTTTAAACTGGC‑GGTTGAA‑TTGTTGT‑CTT‑CAA‑CCGCCATGAGAAACTCACTCTGCCCACAGCGCCAGTGCCAACGTTTTATCATCATCCGTACGCT‑CGTTTACCG‑CCGGGCTGGACAAAAACTGCTTTAACAATTCAGGTAATAAAT‑CGAG‑TTGTTCCTGCGTTGCTGCCGCCAGTCCATTGAAAAACGGGGTAAAGAAAGGCACATGAGGAGAATTATCCAGCATATTTAACGCCAGTCGCTGGATACCATCCGTAAAT > NC_000913/2151492‑2151924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |