New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4162515 | 126 (1.120) | 3 (0.030) | 3/426 | NT | 2.3% | coding (756/1101 nt) | trmA | tRNA m(5)U54 methyltransferase, SAM‑dependent; tmRNA m(5)U341 methyltransferase |
? | NC_000913 | = 4162526 | 134 (1.230) | coding (745/1101 nt) | trmA | tRNA m(5)U54 methyltransferase, SAM‑dependent; tmRNA m(5)U341 methyltransferase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGAC > NC_000913/4162277‑4162751 | tcctggataacgtTTCCGTGTTACAGGAGATGTACAAAAGACGCGGCTACGCCTGCACCATTTTCTCTGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGTAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCG < 2:780213‑M1/233‑1 (MQ=255) tCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCCCCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCG < 2:42020‑M1/239‑1 (MQ=255) tCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCG < 1:737490‑M1/239‑1 (MQ=255) cGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTT‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGCTGTTGTAtt > 1:132088/1‑239 (MQ=255) tCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTTTG‑CCGCCATACGAATAATTTTTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTATTGcg < 1:1220132‑M2/238‑3 (MQ=255) gTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTTAACTCGCGCACACCATTTATCGCCTGAGTAAATTCTTCTT‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTTTCAATAT‑GGTTAGCTTCGATGTTGTATTGGGCAGCAGCAACCGACGGCt > 2:1062370/1‑239 (MQ=255) gTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTTTTCTG‑CCGCCAAACGAATAATTTTTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTCATGCGGAGCAGCaaacagaggct > 2:340439/1‑230 (MQ=255) 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ttttCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCCCACACCATTCATCCCCTGAGTAAATTTTTATG‑CCTCCATAAGAATAATATGTTCTTTTTAAATAT‑AGTTTGCAGCGACATTGTATTTTGCCGCAACAACCGAAAGCTTTGCTATTTCGGGGGGTAATACACGATCa > 2:645335/1‑239 (MQ=255) tcGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTTAACTCGCGCCCACCATTCATCGCCTCAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCTCACGAATAAATTTTACTCTATCAATTT‑GGTTTGCTGCGATGTTTTATTGCGCAGCAGCCACCGCAGGCTTAACCATTTTGGTGGCTAATTACCGCTCaaaaat > 2:773778/1‑237 (MQ=255) aCTGTCCAGACGGCTGCGGGGAGGGACGACAAAAATGTTTGCGCACTGATAACTCGTTAAGCCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAGTTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGatgttgtattgcgcagctaaccaaattgataacgtacaaattattcgtatggcggcagaagaatttactcag < 1:108454‑M1/238‑73 (MQ=255) 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TCTTGCATAACGTTTCCGGGTTACAGGAGATGTACAAAATACGCGGATACGCCTGCACCATTTTCTCGGTTTCACTGTCCAGACCGCTGCGCGGAGGGTCGACAAAAATGGTTTCGCACTGATAACTCTTTAAGTCGATCCCTTGCAGGCGGTTAAACTCGCGCACACCATTCATCGCCTGAGTAAATTCTTCTG‑CCGCCATACGAATAATTTGTACGTTATCAATAT‑GGTTAGCTGCGATGTTGTATTGCGCAGCAGCAACCGACGGCTTAGCGATTTCGGTGGCTAATACCCGATCAAAATTACGCGCCAGCGCTAATGAAAAGTTACCGTTGCCGCAGTACAGCTCCAGTAAATCGCCTTTTGAGCCTTTGGTTACGTCCAGCGCCCATTCCAGCATCTGAATATTCATCGCCGCGTTCGGCTGGGTAAAGCTGTTTTCTACCTGACGGTAGATCATCTCTTTCCCTGCGAC > NC_000913/4162277‑4162751 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |