| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3392105 = | NA (NA) | 4 (0.070) +TCGGATAAGGCGTTT |
3/254 | 8.7 | NA | noncoding (30/308 nt) | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences |
| ? | NC_000913 | = 3392363 | NA (NA) | noncoding (288/308 nt) | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | REP245 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 7 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
CCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTG > NC_000913/3392222‑3392505 | ccTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTg < 2:505080/143‑1 (MQ=32) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCCTCAGG‑CAGCGGCTGCCGGCTGCGGCGTGGACGcc > 1:195177/1‑143 (MQ=255) aCGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTa > 1:727211/1‑143 (MQ=38) cGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTCCACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAt < 1:723728/143‑1 (MQ=255) cGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTGTCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTAt < 2:1043024/143‑1 (MQ=38) gCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGGTGCGACGCACCGCGTCGCATCAGG‑CCACGGCTGCCTGCTGCGTCGCCATCGCCCTGTc > 1:16864/1‑143 (MQ=11) tgcttcgggCCACGGATGCCGGCTTCGGGGTAAACGCCTTCTCCGCCCTCTGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACg < 2:168046/136‑1 (MQ=11) cgcAGGCAACGGCTGCCGTGTGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGtt < 2:108024/141‑1 (MQ=255) ctggcgccGGCTGCCGGATGCGGCGTAAGCGCCTCACCCGCCCTGCGGTTCTGTCCCGTTTGTAGGCCTGATAGGTCGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTAt < 2:1013260/136‑1 (MQ=11) cgggCAACGCCTGCCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTAt < 2:203883/141‑1 (MQ=255) gCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGGGAACTCCCTATCCGACCTACGGTTCTGtt > 1:862672/1‑143 (MQ=255) cAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 1:971072/143‑1 (MQ=38) cAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTc > 1:1054414/1‑143 (MQ=38) cAACGGCGGCCGGATGCGGCTCGAGCGCCTTACCCGCCCGCCGGTGATGCACCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCAGAGGGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGTCCTACGGTTATGTTc < 2:939106/143‑1 (MQ=14) cGGCTGCCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTgg < 1:319367/143‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGATGCGGCGTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTgg < 1:434000/143‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGAGGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGCGTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTgg < 1:339424/143‑1 (MQ=255) tGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCg > 1:258518/1‑143 (MQ=255) gggcgTAAGCGCCTTATCCGGCCGCGGGTTATGGTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGGCGCACGGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCttt < 2:1067008/142‑1 (MQ=17) ggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCCCCGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCACTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCACGATAGCCTTTg > 1:661199/1‑143 (MQ=14) ggcgTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCCCGTTGGCCTTTg > 1:1010662/1‑143 (MQ=255) gcgTAAACGCCTTAGCCGGCCTGCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTgg < 1:486890/143‑1 (MQ=255) tAAATGCCTTACCAGGCCTAGAGCTATGTACCGTTTGTAGGCCTGGTCAGGAGCA‑ACGGAACCATCGGGTAAACGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTTAACAGCCATCGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCaa < 2:20523/143‑1 (MQ=255) aCGCCTTATCCGACCTGCGGTTATGTGCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGa < 2:1042386/143‑1 (MQ=255) aCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGa < 1:522321/143‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTCTCCGACCTACGGTTCGGTTCTGGCTCGGTGGCCTTTGGCAACCAt > 1:883328/1‑143 (MQ=17) cGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGAt > 2:153183/1‑143 (MQ=255) gCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTCCGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTCTGGCAACGAtt > 1:271026/1‑143 (MQ=255) gCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGCTCGCTGGCCTTTGGCACCGAtt > 1:491111/1‑143 (MQ=255) ttAGCCGACCTCCGGTTCGGTCCCGTTTGTAGGCCGGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGG‑CACCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTAAGGTTTTCCACTTACTTGTTGGCCTTTGGCAACGATTATc < 2:1092944/143‑1 (MQ=18) tcaTCCGCCCGACGGGTAGGTCCCGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATc < 2:371075/141‑1 (MQ=18) tCCGACCTACGGTTATTTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTGCGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTa < 1:542878/143‑1 (MQ=255) cGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGCTATGTTCTCGCCCGTCGGCCTTTGGCAACGATTCTCCTATg > 2:876438/1‑143 (MQ=17) aCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTCTCCTATgac > 2:176727/1‑142 (MQ=255) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCACCGATTATCCTATGAGAt > 2:493708/1‑143 (MQ=255) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGAGACGATTATCGTATGAGAt > 1:300182/1‑143 (MQ=255) gcGGTGATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATGAGGCGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTg < 2:512695/142‑1 (MQ=255) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGCTGCGGCGTGCACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTGGGCAACGATTATCCTACGAGCATggg > 2:952543/1‑143 (MQ=18) ggTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGGTCTGGCTCGTTGCTCTTTGGCCACGATTCTCCTACGAAATTgcg > 2:371503/1‑141 (MQ=17) gTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTAcgcg < 1:408063/143‑1 (MQ=255) tttGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACgcgc > 2:309391/1‑143 (MQ=255) gTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCt > 2:545872/1‑143 (MQ=255) gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTc < 1:180529/143‑1 (MQ=255) aCGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTAAAAGATTGAGGCAATTACGCGCCATCGTCAAATCATTgc > 1:277618/1‑143 (MQ=255) gCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTCAGATAGTGGTGCCGAGTGTCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTgcgc > 1:811114/1‑143 (MQ=21) cacaGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGTCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAACTCATTgcgcc > 1:97669/1‑142 (MQ=255) acaGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGCGAGTGATGCAACTACGCGCCCTCGTCCAATCATTCCGCtt > 1:864412/1‑143 (MQ=25) aGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGCGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCCTTGGGCtttt > 1:99583/1‑143 (MQ=255) gCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTa > 1:114852/1‑143 (MQ=255) cATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTGGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCATCAAATCATTACGCGTTTTATCTAc > 2:855781/1‑143 (MQ=37) aGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGGCCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCgg < 2:33083/143‑1 (MQ=255) gg‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGGTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCCCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTCCGCCGt > 1:103490/1‑143 (MQ=255) aaCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGAACAAGTAAGGCCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTgg > 1:201785/1‑143 (MQ=37) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGgcgc < 1:1026223/143‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTGGACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCg < 2:258518/143‑1 (MQ=255) aTGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCg < 1:907851/143‑1 (MQ=255) gcggcgTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTTTGTTCGGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGtt < 2:275835/143‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCGACCTGCGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGa < 2:271026/143‑1 (MQ=255) gcgTGAACGCCCCATCCGACCTACGGTGATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGAt < 2:571734/143‑1 (MQ=255) tGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTg < 1:272551/143‑1 (MQ=255) | CCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGG‑CAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTG > NC_000913/3392222‑3392505 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |