| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,305 | C→T | R395C (CGT→TGT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,305 | 0 | C | T | 96.0% | 136.6 / NA | 52 | R395C (CGT→TGT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (29/19); minor base G (2/0); total (33/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACG > NC_000913/1196166‑1196441 | ggACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTc < 1:94916/143‑1 (MQ=255) cAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTga < 1:247991/143‑1 (MQ=255) aaGTAAATCCTGGGTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACCTGGGATGGACCGAAACGGCTGAGTTAAGTGCTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCGAAGACTTCGAGAGGctgctg > 2:447678/1‑143 (MQ=25) tattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGGTAAActgc > 1:64374/1‑143 (MQ=255) tattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActgc > 1:782086/1‑143 (MQ=255) tattatTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTGCGAGTGTCTGATGGATAGCGCCACActgc > 2:778339/1‑143 (MQ=25) attatgCTCTCCGCCGAGGTGATGCCGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActgct < 1:293525/143‑1 (MQ=21) ttattCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGACTGATGGATGGCGCTAAAccgcgg > 2:445923/1‑141 (MQ=255) tcCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAAGCGAGGACGTCGAGGATCTGATGGACGGCGCCAAACTGCCGacacggcc > 2:551813/1‑136 (MQ=21) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTCATTGGTCAAGGTATGGAAGGAGCAATCAATATGAAAATCGCACCCTACAACATTGAGCGTCTGATAGATGGAGCTAAACTGCTGAAATGATCaaa > 2:192262/1‑141 (MQ=255) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTCCACTGCTGAAACGTTCaga > 1:379339/1‑143 (MQ=255) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCaga < 1:580279/143‑1 (MQ=255) gCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGAACGAAGCGGTTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCaga > 1:614454/1‑143 (MQ=255) gctgcGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg > 1:217383/1‑143 (MQ=255) gcggcgcCACATCGGTTGTACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAATCCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGAGGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcg < 2:316656/140‑1 (MQ=18) gcgcCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGa > 1:764537/1‑143 (MQ=255) gcgcCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGa > 1:178903/1‑143 (MQ=255) cgcCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGat > 1:33893/1‑143 (MQ=255) cacaTGGGTTGGACCGGAGCGGCTGTCTTAAGTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGTGTTTGGTGACGCGatcat < 1:459600/143‑1 (MQ=18) acaGGGGGTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGatcatc < 2:333964/143‑1 (MQ=255) ggACCGAAGCGGCTGACTTAATTCTAAAATGGATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAGCCTAGGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATg < 1:394025/143‑1 (MQ=18) ccGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGCTTGGGTAGGAGATCACAGAAAACATGTag > 2:339424/1‑142 (MQ=17) aaGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGCTCATCGAAAACATGGAATGc > 2:720427/1‑143 (MQ=255) gCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGGGTCTGATGGATGGCGCTAGACTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGACGCGATCATCGAAAACAGGTAATGCCGTAg > 1:498553/1‑143 (MQ=255) tGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAGGAGTAACATATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAGATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGGTCATCGAAGACATGGCACGCAGTAGtt > 2:54444/1‑143 (MQ=17) cTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGt < 1:403612/143‑1 (MQ=255) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGCAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGCCGGCGCTAAGCGGCTGAAATGTTCAGAGTTGAGTGAGGCGATCATCGAAAGCATGTAATGCCGTCGTTTGtt > 2:382017/1‑143 (MQ=17) ttAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAACTGTCCAGAGTTGGGTGACGCGATCATCGAAAAAATGTAATGCCGTAGTTTGtt > 2:673851/1‑143 (MQ=21) ttGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTACAt > 1:383024/1‑143 (MQ=255) tGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAACtt > 1:310436/1‑143 (MQ=255) ttAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGGAGTTTGTTAAATtta > 1:762750/1‑143 (MQ=255) tgaaaGGGATGGAAGGCGCAACCAACGCGAAGTCCGTAACCTGTGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATtta < 2:752300/141‑1 (MQ=18) ggTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAAc > 2:114818/1‑143 (MQ=255) gTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGGTGAAGGGGTCATAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCAGGAGGTTGTTAAATTTATTaaag > 2:553596/1‑141 (MQ=21) tATGGAAGGCGCAATCAACGTGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACgg < 1:334181/143‑1 (MQ=255) tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGa < 1:200561/143‑1 (MQ=255) tGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACAGTAACAAAAAACTTCGAGTTGCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGa > 1:744225/1‑143 (MQ=25) aaGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCGGTAGTTTGTTAAATTTAGTAACGGGAGCg > 2:69749/1‑143 (MQ=255) gcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACg < 1:114818/143‑1 (MQ=255) tCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTTACGCTcc < 1:432419/143‑1 (MQ=255) aCGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgt > 1:711115/1‑143 (MQ=255) gcgAAAACCGTCACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGGGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCgttg < 1:146309/143‑1 (MQ=255) aaCCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAAAGCTCCCGTTGttttt > 2:574783/1‑143 (MQ=255) gccGTAACCTATGACGTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGtttttt < 1:53080/142‑1 (MQ=255) ccGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACACGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTg > 2:124606/1‑143 (MQ=255) cGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGt < 1:489786/143‑1 (MQ=255) tAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCCTAACGCGCCCGTTGTTTTTTGttc > 2:607033/1‑142 (MQ=255) tATGCCTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGGTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGgctg < 2:18758/143‑1 (MQ=255) aTGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTACCGTTGTTTTTTGTTAGgctgg > 2:53065/1‑142 (MQ=255) aCTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTCTTAACTTTATTAACTGGAGCGTGACGGTCACGCTGTTTTTTGTTAGgctgctca > 2:585317/1‑141 (MQ=25) ttCGAGTGTCTGATGGATTGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGATTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACAGGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTTTTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACg < 2:71617/143‑1 (MQ=255) ttCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTACCg > 1:615382/1‑143 (MQ=255) | GGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACG > NC_000913/1196166‑1196441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |