| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3361049 = | 62 (1.170) | 3 (0.060) | 3/264 | 6.6 | 4.9% | intergenic (+433/‑127) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein |
| ? | NC_000913 | 3361101 = | 58 (1.180) | intergenic (+485/‑75) | gltD/gltF | glutamate synthase, 4Fe‑4S protein, small subunit/periplasmic protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTG > NC_000913/3360959‑3361242 | cAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTCTTTAc > 2:950161/1‑143 (MQ=255) gcAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTc < 1:747470/143‑1 (MQ=255) aaaCATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAACCCACCCCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcac < 2:764258/143‑1 (MQ=255) aaaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcac < 1:822684/143‑1 (MQ=255) aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGCAGGAGTTATTTATTTACATTcaca < 2:342366/143‑1 (MQ=255) aaCATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTcaca < 2:133744/143‑1 (MQ=255) cATTCATGTAATTAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACaaa < 1:125795/143‑1 (MQ=255) gtCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACa < 1:350666/142‑1 (MQ=255) cATGTAATCAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGa < 1:471066/143‑1 (MQ=255) aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat > 2:121825/1‑143 (MQ=255) aTGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGat > 2:642580/1‑143 (MQ=255) ggaaTGAATCATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTAGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 2:659823/141‑1 (MQ=255) gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 2:563842/143‑1 (MQ=255) gTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatat < 1:11829/143‑1 (MQ=255) tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTACATAAATACATCCCAGCTAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGttata > 1:546601/1‑143 (MQ=255) tAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatata < 1:780482/143‑1 (MQ=255) aaTGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGatatat > 2:243187/1‑143 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATCCATGCATACGAATTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATAc > 1:441559/1‑143 (MQ=255) aataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATAc > 2:902359/1‑143 (MQ=255) ataatTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACt < 1:243187/143‑1 (MQ=255) ttATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTACATATATAAAACCCAGCAAGTTGATATTTTCGTAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATTCTGAtt > 2:424369/1‑143 (MQ=255) cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttt > 1:281947/1‑143 (MQ=255) cacaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCttt > 2:110329/1‑143 (MQ=255) acaAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCtttt < 1:902359/143‑1 (MQ=255) aaaCCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTtttta < 1:8433/143‑1 (MQ=255) accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACCGATATATCTACTGCTTCAGCTttttatt > 2:184269/1‑143 (MQ=255) accaccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatt > 1:420908/1‑143 (MQ=255) caccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttt > 1:419760/1‑143 (MQ=255) accTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTttttatttta > 2:708695/1‑143 (MQ=255) ccTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATACCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTaa > 2:893351/1‑143 (MQ=255) cACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAaaataaat < 2:357720/143‑1 (MQ=255) ccTTATTATTCACATGTTCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGGTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAAttt < 2:19141/143‑1 (MQ=255) ttattaTTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGt > 2:54571/1‑143 (MQ=255) tattatTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGtt > 1:812866/1‑143 (MQ=255) tCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTCTTTATTGACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTTTTATTAAg > 2:774398/1‑143 (MQ=255) cacaTGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAgg < 2:745750/143‑1 (MQ=255) caTGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCGAGTTGGATATTTCTGAACGAGTTCTTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTCCTTCAGCTTTTTATTTTAACAACTAAATTTGttcttattgat > 2:283550/1‑138 (MQ=255) gATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATg < 1:128804/143‑1 (MQ=255) gATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATg > 1:119761/1‑143 (MQ=255) ataTTCATTAAAGAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGttttt < 2:795455/141‑1 (MQ=255) tCATTAAATAAATACATCACAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaa < 2:748778/143‑1 (MQ=255) tCAGTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTTGCTATTTCTTAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaa < 2:733618/143‑1 (MQ=255) cATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCaaaa < 1:592077/143‑1 (MQ=255) ttAAATAAATACACCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAg < 1:416527/143‑1 (MQ=255) aataaataCATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTATTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTGAAAAAGaaa > 2:52844/1‑142 (MQ=255) tCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAg > 1:155132/1‑143 (MQ=255) tCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAg > 1:553150/1‑143 (MQ=255) ccagccagTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACGACAgct < 2:579652/143‑1 (MQ=255) ccAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAGATGTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAgct > 1:308479/1‑143 (MQ=255) ggCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTtgtg < 1:565833/143‑1 (MQ=255) gCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTTAAAAATAAATTTGTTATTAATGCTATTTTCATATGTTTTTCAAAAAGTCCTTCACAACACATGCTATTtgtgt > 2:592714/1‑142 (MQ=255) tATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTGTCAAGTATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTACTCATTGTgcag > 2:333747/1‑143 (MQ=255) tATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTGCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTGCAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTgccg > 2:481041/1‑141 (MQ=255) aTTGCTGAACGAGTTATTTAGTGACATTCACAAACAGATATATACACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTgcagc < 1:184269/143‑1 (MQ=255) tCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACt < 2:511985/143‑1 (MQ=255) tGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTGATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACttg > 2:608582/1‑142 (MQ=255) gAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTc > 1:430152/1‑143 (MQ=255) gcgTTATTTATCTACATTCACAAACACATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGtt < 1:589320/141‑1 (MQ=255) ttatttatTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTgca < 1:121825/143‑1 (MQ=255) gttaTATTCACAAACAGATATTTATACTATTGCAGCTTTTTATTTTAAAAAATTAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGTTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCa < 2:546601/142‑1 (MQ=255) aCATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTg < 1:835141/143‑1 (MQ=255) | CAGCGCAAACATTCATGTAATGAATAATTATCACCACAAACCACCTCACCAGCACCTTATTATTCACATGATCGTAACTATAAAATTCATTAAATAAATACATCCCAGCAAGTTGGCTATTTCTGAACGAGTTATTTATTTACATTCACAAACAGATATATATACTGCTTCAGCTTTTTATTTTAAAAAATAAATTTGTTATTAAGGATATGTTCATATGTTTTTCAAAAAGAACCTCACAACAGCTGCTATTTGTGCAGCACTTTCTGTTGCAGCATTCAGTG > NC_000913/3360959‑3361242 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |