| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,769,673 | (A)8→7 | pseudogene (1/111 nt) | yibV → | pseudogene, putative cryptic Rhs immunity protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,769,666 | 0 | A | . | 98.3% | 266.3 / ‑3.5 | 60 | pseudogene (322/327 nt) | yibV | pseudogene, putative cryptic Rhs immunity protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (33/26); minor base T (0/1); total (33/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAGATGCTGGACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATAAAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGATGAATGATAACTTAATTTTATTTAAAA > NC_000913/3769524‑3769803 | aaTAGATGCTGGACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATa < 1:163007/143‑1 (MQ=255) ggACTTTCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAATaaaaaaatcat > 1:293733/1‑139 (MQ=255) gACTTTAAGAATCATATACATGCTAATTATTAAATAAGGTAAAGATCATAAGACCATAACTGAAAAAACTAAATCCACTACAACAAACCGAAGATTGAATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCAtt < 2:392029/143‑1 (MQ=255) tttCCGAATCCTATACATGCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGat < 2:293733/143‑1 (MQ=255) 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> 2:372204/1‑143 (MQ=255) gCTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATACACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAtt > 1:99942/1‑143 (MQ=255) cTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATTAAAGATAAGAAT‑ACAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAttt > 2:420323/1‑143 (MQ=255) cTATTTATTAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATAttt > 2:417517/1‑143 (MQ=255) atttattAAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGt > 2:261272/1‑143 (MQ=255) attaAGTAAGGGAAAGATCATAAGACCATATCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGtg < 1:964623/143‑1 (MQ=255) 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< 1:975722/143‑1 (MQ=255) atCTGAAAAATCTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAAt > 1:582241/1‑143 (MQ=255) cggataaaTCTAAAACCGGATCAGCTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAg < 1:818435/138‑1 (MQ=255) gcTAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACtatta < 1:268276/142‑1 (MQ=255) tAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATg > 1:476971/1‑143 (MQ=255) tAAATCCACTCCAACTTGCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTAAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTATTATTATg > 2:186487/1‑143 (MQ=255) 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1:747884/1‑143 (MQ=255) gcTTGCCGCTGATTGCAGTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 1:356410/142‑1 (MQ=255) aCTTGCCGCTGATTGGATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGAGAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAAGTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 1:227971/143‑1 (MQ=255) aCTTGCCACTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGAtt < 2:286543/143‑1 (MQ=255) gCCGCTGATTGCGTTGCCCCAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCtat < 1:996399/143‑1 (MQ=255) gCCGCTGATTGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGATAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCtat < 1:261272/143‑1 (MQ=255) 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2:948786/1‑143 (MQ=255) ttGCATTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCa > 2:260005/1‑143 (MQ=255) aTTGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATATGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGa > 2:208151/1‑143 (MQ=255) aTTGAAAAAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGa > 2:184388/1‑143 (MQ=255) ttaaaaCATAAAAAAAAATAAAAG‑TAAAAAATAAAAAAATCATTAATATAAATTCATTTAATATTTGTAGTGATTATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGat < 2:608214/140‑1 (MQ=255) ttGAAACAGTAAATAAAATAAAAGATAAGAAT‑AAAAAAATCATTGATATAAATTCAGTTAATATTTGTAGTGATGATAAAAATATAAAATTGAGAGTTAATAGTACTATTATGGCCATTGATGATTCTATAAAGTGCATCGat < 1:666677/143‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |