| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 759,912 | C→A | R403S (CGT→AGT) | sucA → | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 759,912 | 0 | C | A | 96.5% | 161.7 / NA | 58 | R403S (CGT→AGT) | sucA | 2‑oxoglutarate decarboxylase, thiamine triphosphate‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (28/27); minor base G (1/1); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGAT > NC_000913/759773‑760046 | tGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCGGGGGACCCGGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGtt < 1:1243595/143‑1 (MQ=255) gccgcAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACCACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTGATCCGCCGGCCGCCCGTTCCAc > 2:143215/1‑143 (MQ=255) cgcAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGc > 1:161649/1‑143 (MQ=255) aGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCgt > 2:107755/1‑143 (MQ=255) 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2:1029309/1‑143 (MQ=255) tacgTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTACCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGcc > 1:1244179/1‑143 (MQ=255) gTATCGTTATCAACAGCGAGGTTGGTTTCACCACTTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCTCGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCttt < 2:37898/143‑1 (MQ=255) tATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTtg < 2:161649/143‑1 (MQ=255) agcGTTATGAACCACCAGGTTGGTTTCATCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTtgt < 2:40483/141‑1 (MQ=255) aTCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTtgt > 1:1051044/1‑143 (MQ=255) 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2:567592/1‑143 (MQ=255) aaTCCGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTaa > 1:1124812/1‑143 (MQ=255) cGCTGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGCTCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCAGTCTGGCGCTCGATTTCCGCACCACCTTTAAGCgg > 2:1095561/1‑142 (MQ=255) atGGATGCCAGTTCAACGCCGGACGGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGa < 1:107755/142‑1 (MQ=255) tGGATGCCAGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTACCACCTTTAAACGTGAt > 1:10595/1‑143 (MQ=255) | TGACGCCGCAGTGACCGGGCAGGGCGTGGTTCAGGAAACCCTGAACATGTCGAAAGCGCGTGGTTATGAAGTTGGCGGTACGGTACGTATCGTTATCAACAACCAGGTTGGTTTCACCACCTCTAATCCGCTGGATGCCCGTTCTACGCCGTACTGTACTGATATCGGTAAGATGGTTCAGGCCCCGATTTTCCACGTTAACGCGGACGATCCGGAAGCCGTTGCCTTTGTGACCCGTCTGGCGCTCGATTTCCGTAACACCTTTAAACGTGAT > NC_000913/759773‑760046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |