| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4606558 = | NA (NA) | 3 (0.060) | 3/270 | 7.5 | NA | noncoding (1/92 nt) | REP351 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP351 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913 | 4606590 = | NA (NA) | noncoding (33/92 nt) | REP351 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP351 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
TGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAGCGCCCTGTTTGCG > NC_000913/4606450‑4606730 | tGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGCAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGCTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTa > 1:599982/1‑143 (MQ=255) ttCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCGGGAGACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAg > 1:496303/1‑143 (MQ=255) tCAGCGTTGCGTCAAGAGTTAAGTATCGAGAGAGGTGGAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGAGCAGGTGTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAgg < 2:666318/143‑1 (MQ=255) cAGCTTTTCGTCAAGTGTTCTTTGTCGTCAGAAGCGTAATTGCTTGAAAAATTTCCATCAGCAAACTAGCTTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAggg < 1:807388/143‑1 (MQ=37) ttttCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGCCTTATCTGGCCTACGAGGGGcgca > 1:693954/1‑140 (MQ=255) ttCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTCTCTGGCCTACGAAGGGCTAACg > 2:34949/1‑143 (MQ=255) ttCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATATGGCCTACGAAGGGCTAACg > 1:105916/1‑143 (MQ=255) gTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGc > 1:196356/1‑143 (MQ=255) aaTAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑gg > 2:872706/1‑143 (MQ=255) ttAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTCTGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCC‑GGTTTTg > 2:281058/1‑143 (MQ=255) ttAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGAATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCGAACGTGCA‑GGTtgtg > 2:286066/1‑143 (MQ=255) ttAATTACCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTg < 2:709925/143‑1 (MQ=255) tAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGt < 1:532861/143‑1 (MQ=255) tATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACGAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGt < 1:364439/143‑1 (MQ=255) cGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGtcggtcgg > 1:251699/1‑143 (MQ=255) gagGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTACCGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAg > 2:170306/1‑143 (MQ=255) agGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCAGCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAgg < 1:698205/143‑1 (MQ=255) ttGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcg > 2:530534/1‑143 (MQ=255) ttGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcg > 1:733892/1‑143 (MQ=255) ggtGGAATATTGTCGATCAGGAACTTAGGGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCTCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgcc < 2:237779/141‑1 (MQ=37) cTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCAcgccg > 2:507959/1‑143 (MQ=255) tGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGGCGGTCGGATAACGCGTTCAcgccgc > 2:503585/1‑143 (MQ=255) aaacaTGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTGTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc < 1:370077/143‑1 (MQ=255) aTCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGTGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTa > 1:273570/1‑143 (MQ=255) tCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCC‑GGTGTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTAt > 2:459528/1‑143 (MQ=255) gaaccccgCGGGCAGGTTTGGTACGTGTGCGGGGGCAGTTGCTGGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCGACGAACGGCTAACGTTCA‑TGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCgg < 1:192074/136‑1 (MQ=25) gAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCgg > 1:905661/1‑143 (MQ=255) aCTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCCCGCCGCATCCGACACCGTATGCGGCga > 2:221804/1‑143 (MQ=255) cTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCGGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCgag < 1:659036/143‑1 (MQ=255) tAGCGTGCGGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCgaga < 2:208359/143‑1 (MQ=255) tAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCgagg > 1:511736/1‑142 (MQ=255) aGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGAt > 1:37636/1‑143 (MQ=255) gCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTGTTGGAGGGCGGATAAGGCGTTCACGCCGCCTCCGACACGGTATCCGGCGAGATa > 2:580899/1‑143 (MQ=39) gCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTAAGATTGCCAAACGTGAAGGGACCTCTA‑CTTTTATAAGGCGTTCACGCCGCATGCGCCACCGTATTCGGCGAGGTa > 2:882875/1‑143 (MQ=255) tttGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGCTTTGTAGGTCGGATCAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCACGGTAGTCGGCGAGATCATTacacta > 2:148067/1‑138 (MQ=39) gcGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGc < 1:306470/143‑1 (MQ=255) atgccagaggcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAGCGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAAt < 2:897757/143‑1 (MQ=255) tgccagctgcGACGCTGGCGCGTCTGATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATg < 1:598093/143‑1 (MQ=255) agatgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGgcgc < 1:779848/143‑1 (MQ=255) tgcGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCCTCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGAt > 1:677817/1‑143 (MQ=255) gACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATaca > 2:226727/1‑143 (MQ=255) gCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCt < 1:530194/143‑1 (MQ=255) gcgcGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGACAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGaa < 1:710229/143‑1 (MQ=255) gTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGGGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTGCTGCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAgcgc < 2:694710/143‑1 (MQ=255) ttATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAGCGCCCt > 1:317957/1‑143 (MQ=255) tCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGAACAAACTTTAAAGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATCCACCTTGACGCGCCCCGtc > 2:194657/1‑142 (MQ=255) tGGCCCACGGAGGGCTAACGTGCA‑GGGTTTGTAGGTCGGGTAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAAGTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAGCGCCCCGTTTg < 2:752279/143‑1 (MQ=39) gCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGTGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGCAGCGCCCTGCTTgcg > 1:371682/1‑143 (MQ=255) | TGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCA‑GGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAGCGCCCTGTTTGCG > NC_000913/4606450‑4606730 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |