| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 704,083 | C→A | A47E (GCG→GAG) | nagE → | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 704,083 | 0 | C | A | 95.7% | 129.4 / ‑5.1 | 46 | A47E (GCG→GAG) | nagE | N‑acetyl glucosamine specific PTS enzyme IIC, IIB, and IIA components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (21/23); minor base T (1/1); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
ATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAA > NC_000913/703948‑704222 | atatatTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGAttttt < 1:575108/143‑1 (MQ=255)atagTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTCGGGCGTTACAGCGCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGAttttt < 2:564284/143‑1 (MQ=255) tatTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTg < 1:726654/143‑1 (MQ=255) ttttAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGAt < 1:676754/143‑1 (MQ=255) 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2:677861/1‑143 (MQ=255) gCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGgtgt < 1:113275/143‑1 (MQ=255) ttACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTTTGATTTTTGATAATTTAGCATTCATCGTCGCAATCGGTGTGGc > 1:489307/1‑143 (MQ=255) cTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCCGCCAg > 1:574241/1‑143 (MQ=255) tCCCTCTCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGGCTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGCTAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGCGGCATCCacc > 2:775951/1‑141 (MQ=255) cccTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCt < 1:59481/143‑1 (MQ=255) 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1:391861/1‑143 (MQ=255) ccAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCGCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGCTGCGCCGGCGCTGTCGGGTGGCGTAGGTTa > 2:706692/1‑143 (MQ=255) tACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTtgtg < 1:405995/143‑1 (MQ=255) aaCGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAAc < 2:428248/143‑1 (MQ=255) aaCGTTGCGTTTATTGCACAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAAc < 1:775690/143‑1 (MQ=255) ttGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGAGCGGTAGGTCACCCTGTGTTAACCcaa > 2:231479/1‑143 (MQ=255) ttGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGGGCGGCGGCGCTGGGGTGAGCGGGAGGTTACTTTGTGTTAACCaaa > 2:9058/1‑143 (MQ=255) gTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGa > 1:564761/1‑143 (MQ=255) ttATTGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCTTTAATCTTCGCCATCGGTGTTGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGTGTGCGGTAGGTTGCTCTGTGTTGACGACAGCGacg > 2:565959/1‑141 (MQ=255) ttGCCCAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTg < 1:565676/143‑1 (MQ=255) ccAGGCGGGCGGTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCa > 2:593157/1‑143 (MQ=255) gcgggcggTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGGTACTTTGTGTTCACCAAAGCGATGGTGACCATCaa > 1:67432/1‑143 (MQ=255) gggcggGGAGATTCTTGATCCCCTCGCAGTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCCGCCGGCCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTTGCGGGTGCGTTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAAcc < 1:345205/143‑1 (MQ=255) gggTGTGAGTGTTGCTAGCGTCGCATGAAGGTGCGCCGTCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGGGCTGGTGCGGCGGCGGTGGCGGGTTCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAAcccgg < 2:170593/142‑3 (MQ=255) gTGAGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAGCCAAAGCGATGGGGACCAGCAACCCAGaa > 2:461648/1‑143 (MQ=255) | ATATTTTAGGTTTTTTCCAGCGACTCGGTAGGGCGTTACAGCTCCCTATCGCGGTGCTGCCGGTGGCGGCACTGTTGCTGCGATTCGGTCAGCCAGATTTACTTAACGTTGCGTTTATTGCCCAGGCGGGCGGTGCGATTTTTGATAACCTCGCATTAATCTTCGCCATCGGTGTGGCATCCAGCTGGTCGAAAGACAGCGCTGGTGCGGCGGCGCTGGCGGGTGCGGTAGGTTACTTTGTGTTAACCAAAGCGATGGTGACCATCAACCCAGAA > NC_000913/703948‑704222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |