| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,066,465 | T→C | 36.9% | K286R (AAG→AGG) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,066,465 | 0 | T | C | 36.9% | ‑6.2 / 5.1 | 12 | K286R (AAG→AGG) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/5); new base C (2/2); total (5/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-02 | |||||||||||
CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGG > NC_000913/2066239‑2066732 | ccGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCTCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCACTTGTATCTGGCTTGCACGAAGCCGAACTGTCGCATGATGATGCGAAATGGGTGCTCACACC‑TGGCCCGGATGCTGGCCTTAATGCACTCGATTTTGATGGCCCTTTTg > 1:658924/1‑274 (MQ=1) tgtAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCGGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCTAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACACCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCCCTTGATGGTGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTCAGCCGGCATGCTGGCTTTTCTGGCTTCGAGGTTGTTGGCCGTTTGGTTCTTGCCTGGATGCTGTTTCATGGTTGTTa > 1:22057/3‑281 (MQ=11) cTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGAAACCCCTTGTCGCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTCGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGCTGCTGTTTCAAGGTTCTTACTTTTCCGGGGCGCTCGGCGCTCAGCCGCTCACCATACACCTCGGcccacccctcccgtt > 1:1588904/1‑268 (MQ=11) cAGCATGAAGAAGCTCGCCAGTTGGGTGTCGTTTTTCAGAATCCCTTTGGTTGGTGCTTTAACAAAGCCGAACGGTTGCTTGATGATGGGAAATGGGTGCTC‑CCCCTTGGCCCGGGTGCTGTCTTTCAGGTAATCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATTCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCGCGGCGATCATCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTAATCGCGCTGTGGCGCCCCTTGCTAGCCGGCATCTGCTGAGACaaa < 1:1113536/282‑1 (MQ=11) aaatgacatccccgagttgtgtgtgTTTTTTAGTATCCCCGTGTGTCTGGCTTGTACGGATCCGACCTGTCGCTTTGTGATGCGAATGTCGCGCTA‑CACCTTGGCCCGGTGGCTGGGTTTAAAGTAGTCGGTGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTTCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGTGGTGCTCTCTGTTCCGCCAGTTCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTAGTAGCCGGCATCGTTTGATACAAATTGct < 1:123997/257‑1 (MQ=2) agcATCACCAGCTGGGTAGCGGTTTTGAGCAACCCCTTCGTGCTGGCTTTAACGAAGCCGACATTGCGCTTGATGATGCCAAATGGGGGCTC‑CACCTCGGCGCGGTTGCTGGGTTGCATGTATTCGAGGTTGATGGCCGTTTTTTTCTTGCCTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCCCATCCACCTCGGCCAGCTCTTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCCGCATCGGTTGAGACAAATTGCTCctct < 1:41899/280‑1 (MQ=11) ccTGGCTTTCAAAAACCCGTACTGTCGGTTGATGTTGCGGATTCGTTGTTC‑CACCTTGCGCTGGAGGCTGGATTTGATGTATTGGTTGTTGTTGTCGGTTTTGGTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTGCCTGGCCGAGCCGCTCGGCGTTCAGCCAGTCCACAGCCGCCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTTGCGCACCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATACTCGtt < 1:576036/281‑1 (MQ=11) tgaggCGTAAGGGGTGCAC‑CACCTGGGCGTGGATGTTGGGTTTATTGTTTTAGAAGTTGTGGGCCTCTTGGTTCTTGCGTGGGTGCTGGTTCAGGGTTCTTCCCTTGGCGGGGCGCTGCGCGACCTGCCAGTCCACATCCGCCTCGGCCGGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGGGACAAATTGCTCCTCGCCGTGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACGAGGCTGTGGGTCAGGc < 1:1068617/282‑1 (MQ=11) cGAAATGGGTCCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGctc < 2:1194133/282‑1 (MQ=14) aaTGGGTTCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATTTTGATGGCCGTTTTGTTCTTTCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg < 2:1279285/282‑1 (MQ=14) aTGGGTGCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTg > 2:263686/1‑281 (MQ=14) tGGGTGCTC‑CACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGCCTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTgg > 1:1572554/1‑281 (MQ=14) | CCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTGCTC‑CACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGG > NC_000913/2066239‑2066732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |