| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,154,358 | A→T | 2.9% | Y287N (TAT→AAT) | yqhC ← | transcriptional activator of yqhD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,154,358 | 0 | A | T | 2.9% | 552.8 / 3.0 | 175 | Y287N (TAT→AAT) | yqhC | transcriptional activator of yqhD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/86); new base T (4/2); total (85/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
GCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCAATTGCCTTGTTAA‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCTGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGTTCCCGGTTGCTGTACCGGGAACGTATTTAATTCCCCTGCATCGCCCGCATTCTTGCCGCATCTTCCCCCGGCGTCACACCGAAGTAACGTTTAAACTCACGGCTAAATTGCGATGCGCTTTCATAGCCGACGCGCATCGCTGCTGCGCTGGCCTTCATGCCGTCATGGATGATCATCATCCGCGCCTTATGCAGACGGTAATTCTTCAAATACTGCAACGGCGAGGTACTGGTGACAGACTTAAAATTATGGTGGAACGCCGATACGCTCATGTTGGCTTCTGCCGCCAGTTGCTCGACGCTCAGGTTTTCGGTGTATTTATTCTCAATCCGTTTCAGCACGCGGCTAATCAGACTGAAGTGAGTCTGGCGACTGACCAGCGCCAGTAACGCGC > NC_000913/3154080‑3154627 | gCCTTAAGTATGATTCCGTTCGTTAAACGCCATGAAGATCAGGTAATGACGTTCCTGATGATCCTGCCACTTGCCTTGTTAC‑CCGCTGGCTTGTTAGGCACGCGGTTTGTGGTGATTAAAAAAAAATACTGTAACGCCTGACGATTTTCCCCGGTCCCGGTTGCTGTACCCGGAACGTATTTAATTCTCCTCCATCGCCCGCCTTCTTGCCGCCTCCTTCCCCGGCCTCACCCCGAAGACATGTTTAAACTTCCGGCTACTTTGCGATCCGCTTTCATAGcc > 1:1153634/1‑282 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |