| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,275,505 | G→A | 2.7% | A76T (GCC→ACC) | garD → | D‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,275,505 | 0 | G | A | 2.7% | 555.5 / 2.1 | 172 | A76T (GCC→ACC) | garD | D‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (89/77); new base A (2/3); total (91/81) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
TTTAAATGAGACCAGGTCCTCATTTTAATAACCCCTGGCTGGAGAATATTGCACAATGGCCAACATCGAAATCAGACAAGAAACGCCAACTGCGTTTTATATAAAAGTTCACGACACAGATAATGTGGCAATTATTGTTAATGATAATGGCCTGAAAGCAGGAACGCGTTTTCCGGATGGGCTGGAATTAATTGAACATATTCCCCAGGGGCATAAAGTCGCATTGCTGGACATTCCGGCTAATGGTGAAATTATTCGTTATGGCGAAGTGATTGGTTACGCCGTGCGTGCAATCCCACGCGGAAGCTGGATCGACGAATCAATGGTTGTACTACCGGAAGCGCCGCCGTTACACACGCTGCCACTGGCAACCAAAGTCCCGGAACCCTTACCGCCGCTGGAAGGATACACCTTTGAGGGCTATCGCAATGCCGATGGCAGCGTGGGCACCAAAAACCTGCTCGGTATCACCACCAGCGTCCACTGTGTGGCAGGCGTGGTGGACTATGTAGTAAAAATCATTGAACGCGATCTGCTACCGAAATACCCGAACGTCGATGG > NC_000913/3275225‑3275785 | tttAAATGAGACCAGGTCCTCATTTTAATAACCCCTGGCTGGAGAATATTGCACCATGGCCAACATCGAAATCAGACAAGAAACGCCAACTGCGTTTTATATAAAAGTTCACGACACAGATACTGTGGCACTTATTGTTAATGATAATGGCCTGACAGCCGGAACGCGTTTTCCGGCTGGGCTGGACTTAATTGAACATATTCCCCAGGGGCATACAGTCGAATTGCTGGACATTCCGGCTAACGGTGAAATTATTCGTTTTGGCTACGTGATTGGTTCCGc > 2:1852698/1‑282 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |