| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 552,526 | T→C | 3.1% | L23L (TTA→TTG) | purK ← | N5‑carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 552,526 | 0 | T | C | 3.1% | 667.3 / 2.0 | 204 | L23L (TTA→TTG) | purK | N5‑carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (92/99); new base C (7/3); total (99/105) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
GCCAGCTCACCTAAACGATCAAACACCGCAGGCCACTCGCTGCGTTCGGCAAGTAACTGCCACGGTGCAGTCGGCAGGTGGAGCTTATCGAAAAGCTGCTTCTGAGTCAGACGGTCAGCAATAATCGGGAACACATCGCGGTTCACAAAGGCCGGATGGCGCGCCAGCTCGCGGGTTAATGCGGTTTCCGGCCAGCGTTCTATCTCAGCGGTAATCACGCTTTGTTGAAAAGGCACCGCCGCCGGTTCAGCGTCCAGCCCGACTGGCCAGACAGCAATGCCTAACGGTTCGCCTGCCTGACGCAGCATACGGCCTAACTGCCCGTTACCGAGGACGCAAACCTGTTTCATGCCGCACCTCGCGGGTCCGGGTTTTCCAGCACTTCGTCGGTCTGGGCTTTGCGCCAGTCATTCAGACGCTGGTGCAGTTCTTTATCATGAGTCGCAAGAATTTGTGCTGCCAGTAACGCCGCGTTTGCCGCGCCAGCTTTACCAATCGCCAGCGTACCCACCGGAATGCCGCGCGGCATTTGTACGATGGAGTAGAGGCTATCGACA > NC_000913/552245‑552801 | gCCAGCTCACCTAAACGATCAAACACCGCAGGCCACTCGCTGCGTTCGGCAAGTAACTGCCACGGTGCAGTCGGCAGGTGGAGCTTATCGAAAAGCTGCTTCTGAGTCAGACGGTCAGCAATAATCGGGAACACATCGCGGTTCACAAAGGCCGGATGGCGCGCCAGCTCGCGGGTTAATGCGGTTTCCGGCCAGCGTTCTATCTCAGCGGTAATCCCGCTTTGTTGAAAAGGCACCGCCGCCGGTTCAGCGTCCAGCCCGACTGGCCAGACAGCAATGCCt > 2:1220461/1‑282 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |