Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,350,303 | Δ1 bp | 2.7% | coding (707/1077 nt) | glpQ ← | periplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,350,302 | 0 | A | . | 2.7% | 499.3 / 4.8 | 150 | coding (708/1077 nt) | glpQ | periplasmic glycerophosphodiester phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/64); new base . (2/2); total (81/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
CTGATTCACATCAGGAGTGTATTCAGGCAGTTTATCTGACCGCACGGTATAAGGATGCACTACCAGTTTATTCTGCTGAGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATGGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCGGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCAATCAG‑CTGTACCAGATTGAGCTCCATGCCCATTTTGGGTTCCAGCTCATTCTTAATACGCTTCAGCTCATCAGCATCAAAACATTGCAAATAAACTTTATCGTCTTTACCGGTGTAACCATATTTCTTCAGCACTTCCAGCGTTTTTGCCGCAATATCCTTCCCTTCCTGATGATGGAACCACGGCGCTTTGATTTCTGGATAAATACCGATATTTTTCCCGGTAGAGTGATTTAACCCCTGAACAAATTCAATCTCTTCTTCAAAGGTGTGCA > NC_000913/2350023‑2350576 | agattgtataagagaaaggtATTCAGGCGGTTTCGCTGCCCTCACGGTATAAAGATTCACTACCAGTTTATTCTTGTGGGCATCTTGCACCATGCCAGTGAGTTTGATATTACCCGGCTGCGATGTCTCCTCAATCAACATATTGTAATCCGGACCAATACCATCTGCATATTCCGCCACCTGTTTCATGGCACCCTGCTTAAACATCCAGTCGTAGTTGTAATTAACCCAGCTTCCATCCGGCTGTTTCTGCTGCGTTTCATTCCAGTCGGTATAGGCaa < 2:752621/263‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |