| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,066,465 | T→C | 47.1% | K286R (AAG→AGG) | insH1 ← | IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,066,465 | 0 | T | C | 47.1% | ‑5.0 / 10.3 | 11 | K286R (AAG→AGG) | insH1 | IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/4); new base C (2/3); total (4/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-03 | |||||||||||
TTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTG‑CTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACAC > NC_000913/2066206‑2066741 | ttcatttcTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCATATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTATTGAGATCTCTCCCACTGAAGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCGAGCCTGACTAACATCGCCAGTTGGTTATCGCTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCAAGAAGCCGACCTGTCGCTTGATGCAGCGAAATGGGTGTCACCACCtgccagtctcttattccaatc > 2:1445733/1‑261 (MQ=1) aTTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGTTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGCATAACATCGCCAGTGGTTTATCGTTTTTCAGTAACCCCTTGTACCTGGCTTTCACGACGCCTAACTGTCCCTTGATGATGCGAAATGGGTG‑TTCCACCTTGGCCCGGATGCCGGTTTCCATGTTATCAATGTTGATGGCGGttt > 2:997594/1‑282 (MQ=11) ccccATTTAAGGCGTTTGCCCCAGTTTTTTGTGTTAGCTCTCCCACAGACGGTTCATTTGGCCCGCCCGAAACAGGGTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCATTGGGTTATCTTTTTTCCGCAACCCCGTGTATTTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGTTGCGAAATGTGTG‑CTGCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGTTGTTTATGGCCGTTTTGGTCTTGCGTGGTTGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTc < 2:1542340/280‑1 (MQ=11) tttaaaagaaagcctgcccACTGTCGTATCATTTGGTCCGCCCGATAAAGGTTGGCCAGAGTGATTTACATCGCCGTTTGGTGATCGGTTTTCAGCAACCCATGGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGGTGCGAAATGGGTG‑CTCCACCTTGGACCGGATGCTGGCTTTCATGTACTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTTGATGCTTTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTACACATCCAcc < 2:1408009/266‑1 (MQ=11) aggTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCCCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGACTTCACGAAGTCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTG‑CTTCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTATTGTTCTTGCTTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCCCGGCCATCGACCAGTCCACAATCACCTCGGCCAGCCACCCGCGCTGTGGCAccccgtc > 2:407069/2‑278 (MQ=11) agaTCGCGATTTGGTTTGCGTTTTTCAACAGCCACGTGGTTCTGTGTTTCCCGAAGCCGCACTGCAGCTTGGTGGTACGAAATTGCTG‑CTCCACCTAGGTCCGGCTGCTGCTTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTCTTCTTGCGTGTATTCTGTTTCAAGGTTCTGACCTTGCCGGGCCGCTTGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCGCGGCCAGGTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCctct < 2:1394733/279‑1 (MQ=11) cccTGGTATCTGGCTTTCACGAGGCCGAACTTTCGCTTGATGTTGCGAAATGGGGT‑CTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCAGGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCACCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCa < 2:32262/282‑1 (MQ=9) aTGGGTG‑CTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCCCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGGTTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGGGGTGCCTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCCCTTgg > 2:1164523/1‑282 (MQ=9) gTG‑CTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCAt < 1:1164523/281‑1 (MQ=14) tG‑CTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGGGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCATTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGCCAACTTGCCCCTCTCCATGCAGCAGCTTACCCAGCTGATTGAGGTCAAGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGATTCGGCTGTGGTTCAGGCCGGTCTTGGCTTCg > 2:717269/1‑282 (MQ=11) tCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGaca < 1:698807/282‑1 (MQ=14) ccACCCTGGCCCGGATGCTTGCTTTCATGTATACGACGTTGATAGCCGTTTTGTTCTTGTGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGATCGCCGATCAGCCAGTCCACAACCACCTCGACCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCACCTGATTGAGGTGATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGacac < 1:1554488/282‑1 (MQ=11) | TTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCGAAATGGGTG‑CTCCACCTTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACTAGGCTGTGGGTCAGGCCGCTCTTGGCATCGACAC > NC_000913/2066206‑2066741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |