| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,616,345 | C→A | 3.9% | G55G (GGC→GGA) | nikC → | nickel ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,616,345 | 0 | C | A | 3.9% | 558.4 / 2.2 | 187 | G55G (GGC→GGA) | nikC | nickel ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (100/74); new base A (3/8); total (104/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 190 total aligned reads displayed.
GGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCATTCGTCGTCATGAAGGAGCGCACGCGTGAACTTTTTCCTCTCTTCCCGCTGGTCGGTACGCCTGGCGCTGATCATTATCGCCCTGCTGGCGCTGATTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGT‑CGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTCGCGGCTGATGGCAGCGACCCGCGTGT‑CGCTCGGTTCGGTAATGGCCTGCCTGCTGCTGGTGCTGACATTAGGGCTGGTTATTGGCGGCAGCGCCGGGTTGATTGGCGGGCGCGTTGATCAGGCCACCATGCGCGTCGCCGATATGTTTATGACCTTCCCGACCTCGATTCTGTCGTTCTTTATGGTTGGCGTGCTCGGCACCGGGCTGACCAACGTAATTATCGCCATCGCCCTGTCGCACTGGGCGTGGT > NC_000913/3616064‑3616625 | ccAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCATTCGTCGTCATGAAGGAGCGCACGCGTGAACTTTTTCCTCTCTTCCCGCTGGTCGGTACGCCTGGCGCTGCTCATTATCGCCCTGCTGGCGCTGATTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGT‑CGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCCCCGCACTGCCCGGGcccccac > 2:821917/1‑279 (MQ=255) 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atgatgGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCATTCGTCGTCATGAAGGAGCGCACGCGTGAACTTTTTCCTCTCTTCCCGCTGGTCGGTACGCCTGGCGCTGATCATTATCGCCCTGCTGGCGCTGATTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGCTTGATTTGCCGT‑CGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGata > 1:1188387/1‑282 (MQ=255) atgatgGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCATTCGTCGTCATGAAGGAGCGCACGCGTGAACTTTTTCCTCTCTTCCCGCTGGTCGGTACGCCTGGCGCTGATCATTATCGCCCTGCTGGCGCTGATTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGT‑CGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGata > 1:999929/1‑282 (MQ=255) ggtggtTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCATTCGTCGTCATGAAGGAGCGCACGCGTGAACTTTTTCCTCTCTTCCCGCTGGTCGGTACGCCTGGCGCTGATCATTATCGCCCTGCTGGCGCTGATTGCGCTCACCAGCCAGTGGTGGCTGCCGTATGACCCACAGGCGATTGATTTGCCGT‑CGCGCCTGCTTTCGCCGGATGCGCAGCACTGGCTGGGCACCGATCACTTAGGTCGCGATATTTTCTcg < 1:1074080/282‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |