| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,543,247 | C→T | 2.6% | C44C (TGC→TGT) | fimA → | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,543,247 | 0 | C | T | 2.6% | 505.4 / 2.8 | 157 | C44C (TGC→TGT) | fimA | major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/73); new base T (2/2); total (81/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGTGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTTTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCTCAGTTCTACAGCGGCTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTGCGCAGTTGATGCAGGCTCTGTTGATCAAACCGTTCAGTTAGGACAGGTTCGTACCGCATCGCTGGCACAGGAAGGAGCAACCAGTTCTGCTGTCGGTTTTAACATTCAGCTGAATGATTGCGATACCAATGTTGCATCTAAAGCCGCTGTTGCCTTTTTAGGTACGGCGATTGATGCGGGTCATACCAACGTTCTGGCTCTGCAGAGTTCAGCTGCGGGTAGCGCAACAAAC‑GTTGGTGTGCAGATCCTGGACAGAACGGGTGCTGCGCTGACGCTGGA > NC_000913/4542967‑4543525 | ggtttCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCAAAATGTTTCAACTTTTGGGGGAAAAATGTGCAGGTTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAACAAAGCGTACAGAACGACTGCCCATGTCGATTTAGAAATAGTTTGTTGAAAGGAAAGCAGCATGAAAATTAAAACTCTGGCAATCGTTGTTCTGTCGGCTCTGTCCCGCAGTTCTACAGCGGTTCTGGCCGCTGCCACGACGGTTAATGGTGGGACCGTTCACTTTAAAGGGGAAGTTGTTAACGCCGCTTgcg < 2:508607/280‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |