| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,902,141 | G→A | 5.2% | G32S (GGC→AGC) | manX → | fused mannose‑specific PTS enzymes: IIA component/IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,902,141 | 0 | G | A | 5.2% | 269.4 / 4.2 | 77 | G32S (GGC→AGC) | manX | fused mannose‑specific PTS enzymes: IIA component/IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/30); new base A (2/2); total (45/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.98e-01 | |||||||||||
TCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATTGTGGACGACGATTCAAAAATACATCTGGCACGTTGAGGTGTTAACGATAATAAAGGAGGTAGCAAGTGACCATTGCTATTGTTATAGGCACACATGGTTGGGCTGCAGAGCAGTTGCTTAAAACGGCAGAAATGCTGTTAGGCGAGCAGGAAAACGTCGGCTGGATCGATTTCGTTCCAGGTGAAAATGCCGAAACGCTGATTGAAAAGTACAACGCTCAGTTGGCAAAACTCGACACCACTAAAGGCGTGCTGTTTCTCGTTGATACATGGGGAGGCAGCCCGTTCAATGCTGCCAGCCGCATTGTCGTCGACAAAGAGCATTATGAAGTCATTGCAGGCGTTAACATTCCAATGCTCGTGGAAACGTTAATGGCCCGTGATGATGACCCAAGCTTTGATGAACTGGTGGCACTGGCAGTAGAAACAGGCCGTGAAGGCGTGAAA > NC_000913/1901855‑1902428 | tCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGAAACGCAGGGGTTTTTGGTTGTAGCCCTTATCTGAATCGATTCGATTGTGGACGACGATTCAAAAATACATCTGGCACGTTGAGGTGTTAACGATAATAAAGGAGGTAGCAAGTGACCATTGCTATTGTTATAGGCACACATGGTTGGGCTGCAGAGCAGTTGCTTAAAACGGCAGAAATGCTGTTAGGCGAGCAGGAAAACGTCg > 1:665127/1‑287 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |