| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 451,643 | G→A | 76.7% | intergenic (‑33/+427) | cyoA ← / ← ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 451,643 | 0 | G | A | 76.7% | 127.6 / 31.7 | 61 | intergenic (‑33/+427) | cyoA/ampG | cytochrome o ubiquinol oxidase subunit II/muropeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/7); new base A (17/29); total (25/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGA > NC_000913/451362‑451906 | tgACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAg > 1:258054/1‑289 (MQ=255)tgACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAg > 1:341635/1‑289 (MQ=255) gTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGtgtgtg > 2:581279/1‑289 (MQ=255) ttCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTgg > 2:596202/1‑289 (MQ=255) 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cGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACa < 1:186269/289‑1 (MQ=255) ggCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAAtt > 2:206787/1‑288 (MQ=255) cGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGa < 1:106257/279‑1 (MQ=255) 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gTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGtga > 1:37048/1‑289 (MQ=255) ccTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTTGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGa < 2:533482/289‑1 (MQ=255) cTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat > 1:325783/1‑168 (MQ=255) cTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCATTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTtat < 2:325783/168‑1 (MQ=255) | TGACCAGTTCGGGCTGTACTTAGCATCTTTATTGCTCGCACGGTACTTCCAGGCGAAACCAACAGCCATCAAGATTGCGGGAATAACGACAATCAACATCAGGCCAAATGCCGTCAGTATCAGTGAACGTTGCTCCAGACCAATCTGTCCTTTGGGATCTAACAGCGCAGAATTACAGCCACTGAGC‑AATACAGTGCCTGCAAATAATGACAACCATCCCAAACTTTTATTGTATTTCCTGAGTCTCATTTAACGACCTCAATT‑CCACGGGATCTGGTGGCGTTTAAAGTGTGTGGGCATTTTACGGGAAGGTTACATTACTGTAAACATGATTAAATTCCTGTTACTTGGATTTGGCTGCCAGGTCACATATGTTGCAAAACATATCAGGTTGATTTTAAGAAGCTGTTGCAAAAGGGCGTTATAACAAAAGGGG‑AGTGCTGAAGGAGTCTGGGCGGGCAATTGGTATAACCAATGTGAAATAAAACAATTATTTAACAAATAATTATCATTAGAGTGACAACTGGGTGATGAGAAAATAAAGA > NC_000913/451362‑451906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |