| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,875,524 | G→T | 8.3% | V30F (GTT→TTT) | yidX → | putative lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,875,524 | 0 | G | T | 8.3% | 379.1 / 6.2 | 154 | V30F (GTT→TTT) | yidX | putative lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (78/58); new base T (14/2); total (93/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.80e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TTTGCCGTGCGTGTAATGTAGTACAAACTTATATTGTTGTACTACAATTTAGATCACAAAAAGAACAATGCATAAAAAAATGACATGCGTCGGGCAGAAATCTGAAAAGGGATATCAG‑GCGCTAAACAGGAGGGAAAGAAGAGTAT‑GCTTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAAGTTGAATTTTAAGGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCATACCGCAAAGGGTAGTTCAGGAAAGTATCAATCGCAGTCAGACACCATCACTGGGCTATCGCAGGCAAAAGATAGTAATGGAACAAAAGGCTATGTTTTTGTAGGGGAATCGCTGGATTACCTTATCACTGATGGTGCCGATGACATCGTTAAGATGCTCAATGATCCAGCACTTAACCGGCACAATATTCAGGTTGCCGATGACGCAAGATTTGTTTTAAATGCGGGGAAAAAGAAATTTACCGGCACAATATCGCTTTACTACTA > NC_000913/3875253‑3875798 | cccgggtgtgactgttgtACAAATTTATTGTGTTTTAGTGAAAGTTAGATAACAAAAAGAAAATTGAAGAAAAAAATAACATGCGTCGGGAAAAAATCTGAAAAGGTATATCAG‑GCGCTAAACATGAGTGAAATAAGAGTAT‑GCGTTCAACGGCTTAGCTACTCGTTTAAAGGATTAATCATGAATTTGAATTTTAATGGATTTTTTAAGGCTGCCGGTTTATTCCCACTGGCGCTGATGCTTTCAGGCTGTATCTCGTATGCTCTGGTTTCCCa < 2:1380721/263‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |