Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 523,618 | A→G | 13.5% | S120G (AGC→GGC) | rhsD → | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain, putative neighboring cell growth inhibitor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 523,618 | 0 | A | G | 13.5% | 206.9 / 2.8 | 90 | S120G (AGC→GGC) | rhsD | Rhs protein with DUF4329 family putative toxin domain, putative neighboring cell growth inhibitor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/52); new base G (6/9); total (29/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCGCGCCCACCGGCGTGGCGTGCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGTGGGGGGCGCTGCCGCCGGATATCCGGTTAAGCCCGCATCTTTACCTGGCGACCAACAGCGCACAGGGGCCGTGGTGGAT‑ACTGGGGTGGTCTGAGCGGGTGCCGGGTGCTGAGGACGTACTGCCAGCGCCGCTGCCGCCGTACCGGGTGCT > NC_000913/523345‑523886 | gnggggccacccGGCGGGGGGGGCGCGGTGGGTGCGGGCGGGATGACTTCGGGGAACCCGGTAAATCCGCTGGTAGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGGTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGa < 2:1146548/264‑1 (MQ=25) cgcgcCCACCGGCGTGGCGTGCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑Gc > 1:464748/1‑274 (MQ=255) cgcgcCCACCGGCGTGGCGTGCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCa > 1:1477338/1‑275 (MQ=255) gggtggtgCGCGGGGTGTCCGGTGGGGATGACTTCGGGCGAACCGGGAAGTCCGCTGCTGGGGTCGAAGTTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCTGCCGGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGc < 2:1036304/269‑1 (MQ=37) ggcgtgCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATCTCCGCTTACAGCTACGTGATGCCGGCCTGATACTCAACCACAACGGCGGGCGGG‑GCAATC‑CCTTTGAGcccg > 2:447627/1‑273 (MQ=255) tgCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGACGGCGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCAGCTGCCGTTCCTTTTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGACGACGCCTGCCCCGGTGGGCGGTTTCGGCCCCGGCTGGAAAACGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACCCAACGACAACGGCGGGCGGG‑GCATTC‑TCTTTGCGCCcccgct > 1:138589/1‑275 (MQ=255) tgCTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTCAGCCgctgcc > 1:1101226/1‑274 (MQ=255) cTCGGTGTGTCCGGGCGGGATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGCCGGGCGGA‑GACTTC‑ACTTTGAGCCgctgct > 1:778388/1‑273 (MQ=255) tgtgtCCGGGCGGGATGACTTCGGGCACCCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTCCAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATCCTCAACGACAACGGCGGGGGGAGGCATCC‑CCTTT‑CGCCCCTGCT‑CCCggg > 2:214260/1‑274 (MQ=25) tCCGGGCGGCATGACGGCGGGCAACCCGGGAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCAAAGCGGACCTT‑GCGCTGCCCGTCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCggggg < 1:1345478/272‑1 (MQ=255) ccGGGCGGGGTGACTTCGGCCAACCGGGTAAATCCCCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAgg < 2:464747/274‑1 (MQ=255) cgggATGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGGT‑GCCGGGGGAGGCGgtg < 1:389271/274‑1 (MQ=255) gggATGCCTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGTTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTa < 1:1391068/275‑1 (MQ=255) ggATGGCGTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGCCGGACCTT‑GCCCGGCCCGGCCCCCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGGCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCGGACATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTa < 2:474534/274‑1 (MQ=255) aTGACTTCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GTCGGGGGGGGCGGTGTaacg > 1:38564/1‑272 (MQ=255) gcctgcGGGCAACCCGGTACATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCAGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTCCAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGATGTACAGc < 1:847060/269‑1 (MQ=255) ttCGGGCAACCCGGTAGATCCCCGGCTGGGGGCGAAGGTGCGGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCa < 2:38564/275‑1 (MQ=255) ttCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCCACGTGATGACGGACTGATACTCAACAACAACGGCGGGCGGG‑GCCATA‑CCTTTGAGCCCCCGCC‑TCCGGGGGGGGCGGTGGACAGCCGcc > 2:35725/1‑274 (MQ=37) gtCGGGCAACCCGGTAAATCCGCTGCTGGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCa < 1:664854/274‑1 (MQ=255) 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tgctgGGGGCGAAGGTGCTGCCCGGCGAGCCGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTgc‑gc < 1:704732/275‑1 (MQ=255) gggtgcggagggggccgcCCGGCGGGCCGGCCCTT‑GCTCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCGTTCGCTCCCAAACCTACTGCAGCTACCGGACGAAGAAGGCTGATCGGGTGGGCGTTTTCGCCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACACCGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGGGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTgc‑gc < 2:1284572/256‑1 (MQ=255) gctgcCCGGCGAGACGGACCTT‑GCGCTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGgcagca < 1:107149/274‑1 (MQ=255) 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cTGCCCGGCCCGCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGa < 1:748597/257‑1 (MQ=255) tccccggaccgCTGCCGTTCAGTCTCTCCCGCACCTACGGTAGCTACCGGACGAAGACGCCTGGACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGcgcg < 1:886207/272‑1 (MQ=255) cccggcccgCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCCTTC‑CCTCTTAGCCGCCCCT‑GCCCGGGGGGGCGGGGTGCAGCCGCAGCGAGTCAAAGTGGCGGCGGC‑GCGGGGGGAAGGGGCAACACCCGGACGGCCATCCgacgggggggc > 2:1051700/1‑264 (MQ=21) cccggcccgCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCgg < 1:1319133/273‑1 (MQ=255) cccgCTGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCTTTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTgc‑gc < 1:1103478/226‑1 (MQ=255) tGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGG‑GCACTC‑ACTTTGTGCCCCCGCC‑GCCCGGGGAGGGGGGGTTACGCCCCCGTGGGGCAAAGTGGGCCGTGC‑GCGGGGGGAAGGCGGCACCGCGCGGCCGCCATCAACCCGCGCGGACGTggggggg > 2:484449/1‑273 (MQ=21) tGCCGTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCa > 1:497505/1‑198 (MQ=255) gTTCATTCTCTCCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGa < 2:497504/198‑1 (MQ=255) tctctcCCGCACCTACAGCAGCTACCGGACGAAGACGCCTGCACCGGTGGGCGTTTTCGGCCCCGGCTGGAAAGCGCCTTCTGATATCCGCTTACAGCTACGTGATGACGGACTGATACTCAACGACAACGGCGGGCGGA‑GCATTC‑ACTTTGAGCCGCTGCT‑GCCGGGGGAGGCGGTGTACAGCCGCAGTGAGTCAATGTGGCTGGTGC‑GCGGTGGTAAGGCAGCACAGCCGGACGGCCATACGCTGGCGCGGCTGCGGGGGGCGCTGCCGCCgg < 1:447628/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |