| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,571,695 | T→A | 3.6% | intergenic (‑120/‑57) | yjiR ← / → yjiS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase/DUF1127 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,695 | 0 | T | A | 3.6% | 360.9 / 3.1 | 111 | intergenic (‑120/‑57) | yjiR/yjiS | putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase/DUF1127 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/59); new base A (2/2); total (50/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTATTCCTTATGTGGACCATACAGAGAGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACCGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTAAATAAAAGTAATATTTGAATCTGTATTGTGAACTGCCAGAAGGTGGATGATGAAGCCTCTGAAAGATGAGGAGGTAGCAGATGGAATTTCACGAAAACAGAGCTAAAGCGCCGTTTATCGGCCTGGTGCAACTCTGGCAGGCGGTGAGGCGTTGGCGGCGGCAAATGCAGACCCGACGCGTGTTACAGCAGATGAGTGATGAGCGGTTGAAGGATATCGGGTTACGCAGGGAGGATGTGGAGTGAGGGGGGATATAGATTTATA > NC_000913/4571424‑4571935 | tcCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTATTCCTTATGTGGACCATACAGAGAGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACCGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTAAATAAAAGTAATATTTGAATCTGTAtt > 1:32102/1‑275 (MQ=255) 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gCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTATTCCTTATGTGGACCATACAGAGAGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACCGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTAAATAAAAGTAATATTTGAATCTGTATTGTGAACTGCCAGAAg < 1:156156/275‑1 (MQ=255) tgctgcACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTATTCCTTATGTGGACCATACAGAGAGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACCGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTAAATAAAAGTAATATTTGAATCTGTATTGTGAACTGCCAGAAGGTg > 2:1535036/1‑275 (MQ=255) gACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTGCTCAATCCGTTCGGCAAGCAGAGTCGCCAGATGTTGATAACGCGTCATGCTGTCTTCCTTATGTGGACCATACAGAGCGAAAAACCGGTACAGATGAGGCTAAAAAACAGGATGCAGATGCTGTTTTAACCTGTCTGTATGTTATATAAAAGTACTAGTTGAATCTGTTTTGTGAACTGCCAGAAgcgtgat > 2:1528567/1‑252 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |