| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,329,497:1 | +G | 4.8% | coding (299/1650 nt) | yfaQ ← | tandem DUF2300 domain protein, putative host defense protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,329,496 | 1 | . | G | 4.8% | 350.5 / 12.4 | 84 | coding (300/1650 nt) | yfaQ | tandem DUF2300 domain protein, putative host defense protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (44/36); new base G (2/2); total (46/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
TTTTCACCCGTACCCGACTACCGAGCATGGATGCGACACCGATTTTCGCCTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAG > NC_000913/2329210‑2329775 | ttttCACCCGTACCCTACGACCGGGCATGGATGCGACACCGATTTTCGCCTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATcgcgc‑g < 2:417409/288‑1 (MQ=255) tttCACCCGTACCCGACTACCGAGCATGGATGCGACACCGATTTTCGCCTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑Gtt < 1:584247/289‑1 (MQ=255) tACCCGACTACCGAGCATGGATGCGACACTGATTTTCGCCTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCCAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCCTCAGCGCAGTCAGAGACGCTAGCCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATCACACCCACACATCTGCCCCAATATGCAACCGTCGCCGCACAAAATAGAGCCCACAGGATCGCACCCGCGCCGTACAGCGC‑GTTACGCtctc > 2:127946/1‑288 (MQ=255) tACCCGACTACCGAGCATGGATGCGACACCGATTTTCGCCTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCtctc > 1:452549/1‑288 (MQ=255) 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cTCGTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCcg < 2:452549/289‑1 (MQ=255) cGTCCAGCACCACATCCAGTAAGACTTTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCcgc < 2:740070/289‑1 (MQ=255) gTCCAGCACCACATCCAGTAAGAC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGCGTTTCcgcg > 1:263056/1‑288 (MQ=255) 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aC‑TTCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGtt > 1:515729/1‑289 (MQ=255) ttCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGa < 1:207006/289‑1 (MQ=255) tCCTGAGCTTTGTTTTGCGCGGGTAACGTCGCTAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGAt < 1:247753/289‑1 (MQ=255) 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tAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACCCTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGt > 1:367847/1‑289 (MQ=255) tAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTccagc < 1:107316/271‑1 (MQ=255) tAATGAATCAAGCAGCGATTTAACCGTTACCGAGGTTTCTGGCTTCAGCGTAGTCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGC‑GTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTccagc > 2:107316/1‑271 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |