| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 763,346 | T→C | 4.2% | G111G (GGT→GGC) | sucC → | succinyl‑CoA synthetase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 763,346 | 0 | T | C | 4.2% | 320.1 / 2.4 | 96 | G111G (GGT→GGC) | sucC | succinyl‑CoA synthetase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/42); new base C (2/2); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
GGCTTACCAGCACCGGTGGGTTATGCCTGTACTACTCCGCGCGAAGCAGAAGAAGCCGCTTCAAAAATCGGTGCCGGTCCGTGGGTAGTGAAATGTCAGGTTCACGCTGGTGGCCGCGGTAAAGCGGGCGGTGTGAAAGTTGTAAACAGCAAAGAAGACATCCGTGCTTTTGCAGAAAACTGGCTGGGCAAGCGTCTGGTAACGTATCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGACCGTAGTTCCCGTCGTGTGGTCTTTATGGCCTCCACCGAAGGCGGCGTGGAAATCGAAAAAGTGGCGGAAG‑AAACTCCGCACCTGATCCATAAAGTTGCGCTTGATCCGCTGACTGGCCCGATGCCGTATCAGGGACGCGAGCTGGCGTTCAAACTGGGTCTGGAAGGTAAACTGGTTCAGCAGTTCACCAAAATCTTCATGGGCCTGGCGACCATTTTCCTGGAGCGCGACCTGGCGTTGATCGAAATCAACCCGCTGGTCATC > NC_000913/763059‑763622 | ggCTTACCAGCACCGGTGGGTTATGCCTGTACTACTCCGCGCGAAGCAGAAGAAGCCGCTTCAAAAATCGGTGCCGGTCCGTGGGTAGTGAAATGTCAGGTTCACGCTGGTGGCCGCGGTAAAGCGGGCGGTGTGAAAGTTGTAAACAGCAAAGAAGACATCCGTGCTTTTGCAGAAAACTGGCTGGGCAAGCGTCTGGTAACGTATCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTg < 1:45515/289‑1 (MQ=255) ggagccGGTGGGTTATGCCTGGCCTACTCCCCGCGAAGAAGAGGACGCGGGTGCAAAAATCCGTGCCGGTCCGTGGGTAGTGCAATGTCAGGTTCACGCTGGCGGCCGCGGTAAAGCGGGCGGTGTGAAAGTTCTAAACAGCAAAGAAGACATCCGTGCTTTTGCAGAAAACTGGCTGGGCAAGCGTCTGGTAACGTATCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:459436/285‑1 (MQ=255) aCCGGTGGGTTATGCCTGTACTACTCCGCGCGAAGCAGAAGAAGCCGCTTCAAAAATCGGTGCCGGTCCGTGGGTAGTGAAATGTCAGGTTCACGCTGGTGGCCGCGGTAAAGCGGGCGGTGTGAAAGTTGTAAACAGCAAAGAAGACATCCGTGCTTTTGCAGAAAACTGGCTGGGCAAGCGTCTGGTAACGTATCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCgttgtt < 1:363111/286‑1 (MQ=255) cgtgtggTTATGCCTGTACTACTCCGCGCGAAGCAGAAGAAACCGCTTCAAAAATCGGTGCCGGTCCGTGGGTAGTGAAATGTCAGGTTCACGCTGGTGGCCGCGGTAAAGCGGGCGGTGTGAAAGTTGTAAACAGCAAAGAAGACATCCGTGCTTTTGCAGAAAACTGGCTGGGCAAGCGTCTGGTAACGTATCAAACAGATGCCAATGGCCAACCGGTTAACCAGATTCTGGTTGAAGCAGCGACCGATATCGCTAAAGAGCTGTATCTCGGTGCCGTTGTTGAcc < 1:479778/283‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |