| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,408,129 | A→G | 6.4% | K27R (AAA→AGA) | ydaN → | putative Zn(II) transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,408,129 | 0 | A | G | 6.4% | 200.8 / 2.6 | 62 | K27R (AAA→AGA) | ydaN | putative Zn(II) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/29); new base G (2/2); total (31/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.46e-01 | |||||||||||
TCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTAC‑AAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGCGTGTATATATGGACGGG > NC_000913/1407869‑1408388 | tCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTAC‑AAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATa > 1:189956/1‑275 (MQ=255) 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aTTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACgg > 2:56324/1‑275 (MQ=255) ggACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGGCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCCGTATAAACGGCAGCAcctaa > 1:107557/1‑271 (MQ=255) cccGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAGACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGAt > 1:108864/1‑274 (MQ=255) tATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGcc < 1:56324/275‑1 (MQ=255) aTTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGcc < 2:72137/274‑1 (MQ=255) tttGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAGACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCAt < 2:108864/275‑1 (MQ=255) tgtGCCTGGATGCGTGGTGGTAGAGGCGGCGTTAACCCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCAt < 2:319684/273‑1 (MQ=255) tGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCAt > 2:135150/1‑273 (MQ=255) tGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCAt < 1:135150/273‑1 (MQ=255) tGCCGGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGAGGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGAGAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGc < 2:120838/275‑1 (MQ=255) cgggaggctggatgGTAGAGGCGGCGGTAAACCGCTGGAAAATACAGATGGGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGCgt < 2:394651/272‑1 (MQ=255) tggtggggagagGCGGGGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGGGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGCGTGtatata < 2:376956/265‑1 (MQ=255) gTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGATGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGTTGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGCGCGTATATATGGACggg > 1:86316/1‑275 (MQ=255) cgTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAacgta > 2:51363/1‑124 (MQ=255) aaaCCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTg < 1:51363/124‑1 (MQ=255) | TCTGATAATGATAGACGCTATTTAACACTTCACACGGTTTGTATACGGAAAAGCATTTTGCTTTTTGTATTCAATTTAGACAGAATTTTATTAATCATTTCAGGGTAATGGGGTGATGAGATGTTGCGTAACAGGGCCAGAAGGCTAGACTAC‑AAAATAATGCGTTGATGATGGAGGCACTGTGGAAGCGATTAAGGGATCGGACGTTAATGTCCCGGATGCAGTATTTGCCTGGATGCTGGATGGTAGAGGCGGCGTTAAACCGCTGGAAAATACAGATGTGATTGATGAAGCGCATCCCTGTTGGCTCCACCTTAATTATGTACACCATGATAGCGCCCAATGGCTGGCGACAACACCGCTGCTTCCCAATAACGTACGTGATGCGCTGGCGGGCGAGAGCACGCGTCCCCGAGTCAGCCGTCTCGGTGAAGGCACGCTGATTACATTGCGCTGTATAAACGGCAGCACCGATGAACGCCCCGATCAACTGGTCGCCATGCGTGTATATATGGACGGG > NC_000913/1407869‑1408388 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |